サイズが0ならOffice2000の不具合だったか。
Safeモードで起動してもあるようなら(ってWindowsのバージョンは何でしょう？)、Safeモードのままで消してしまって大丈夫の場合が多いです。

通常の起動時に消すと、消えないファイルがあったり、動作中のソフトがおかしくなることがあります。というかたぶん起こります。

Win9x系のWindowsTEMPフォルダなら消してしまって問題ないと思います。
その状態で不具合が起きるソフトは使わないって言うのが持論だったり・・・（＾＾；
一応Win95の頃からずっと無条件削除してますが、ヘンな動作になった事はないです。

窓の手で、起動時にWindowsTEMPフォルダ内をすべて削除する設定で使ってますが、とくに不具合は起きたことがありません。
どうせ使用中のファイルは消せませんので、消せるものだけ削除して大丈夫だと思います。

テンポラリファイルといって、WINDOWS用アプリケーションが、一時的にデータの保存用などとして、使っている一時ファイルです。通常は、そのアプリケーションが終了するときに、消される（もしくは、サイズが０バイトぐらいにされる）のですが、ファイル管理のしっかりしていない、ソフトや、何らかの原因で、アプリケーションが異常終了したときには、大きなファイルサイズになったまま残る事があります。（例：アドビのフォトショップ５以前の物が異常終了すると、数メガ〜数十メガというサイズの連番ファイルで残ることがある。）０バイトのもので、日付の古い物は、消去しても問題無いはずです。