>Ｗｉｎ２Ｋを１台のＨＤで使用していますが[以下略]

パーティションは切ってあるのでしょうか？
もし切ってあるのなら、Win2kをインストールしていない方（通常D：）の
ドライブと同じ容量のパーティションを、新しく接続するドライブに割り当てて
D:と新しいドライブをストライプドライブとして設定すれば大丈夫です。
（Win2kにしてSCSI-RAIDにしてしまった為、WinNTの知識ですが、
Win2Kも変わっていないと思います）
NT,Win2Kのシステムは、ストライプドライブにはインストールできません。

単一パーティションで運用しているようなら、パーティションを
「パーティションマジック」などを使って切りなおさなくてはならないのですが
W2kのデフラグツールは、システムファイル、ディレクトリなどの移動が出来な
いので難しいと思います。

おでんさん、早速のレスありがとうございます。
現在単一パーティションで運用しています。
＞NT,Win2Kのシステムは、ストライプドライブにはインストールできません。
そうなんですか。勘違いしていました。
すると、あとから増設したＨＤとの間にストライプドライブの設定をすれば良いと思うのですが、はじめからパーティションを切ってない場合はどうすればよいのでしょうか。

「Diskeeper」等のDefragソフトを購入し、「おでん」さんも御書きに成っている「パーティションマジック」等の
領域の編集が出来るソフトを購入し開けた領域と追加した装置で「ストライプセット」を組めばOKでは？

但し、ストライプセットは同じ容量の領域同士でしか組めないので、追加した装置には空き容量が残りますし、
現在使っている「装置の中ほどから」と増設した「装置の先頭から」とセットを組むのは
双方で差が生じるのであまり良い方法では有りません。

あと、解かっていると思いますがATAでは同じチャネル間では２つの装置には同時にアクセスは出来ませんので、
ATAでやる場合はプライマリとセカンダリで分けて構成して下さいね。
（ストライプセットは構成内の一つの装置が死んだら全てが灰燼に帰すという事も覚えておいて下さい）

そう言えばPC-98x1かAT互換機か解かりませんが、「Diskeeper6.0」はAT互換機用です。（3.0辺りまではPC-98x1でも使えましたが）
http://www.sohei.co.jp/index.html
三十日間試用可能な体験版が落とせます。