当方もWindows2000(SP1)です。
・FAT32ならうまくいくのでしょうか？
・管理ツールで何か異常なことがないか確認されたでしょうか？

これはどうでしょうか？
http://www.microsoft.com/JAPAN/support/kb/articles/JP265/5/09.HTM

ひでぇバグだ…(T_T) 気をつけないといけませんね。
でもNTFSって断片化しないんじゃあなかったっけ？(わざとらしい)

断片化しにくいだけです。だたFATと違い連続空き領域に優先してデータを書き込むの
でちょっとはマシかと。
カーネルアンドピーチさんのリンク先のsystemファイルは断片化するともとに戻せな
かったような気が...今のところコピーが唯一の方法だったと思います。
MSはセキュリティが全くないFATをいつまで使うのでしょうか？(WindowsXPはまだサ
ポートするようですが...)

皆さん，レスありがとうございます。昨夜カキコした後すぐにオフしまして，今夜再度試みようと考えておりましたところ，子供が，「お父さん，壁紙をダウンロードする方法教えて」と言いますので，「フリーズせんかったんか」と聞くと，「何それ？」とのこと。全く訳が分かりません。今のところ何事もなく動いていますが，いつ機嫌を損ねる事やら。
たろべえさん，管理ツールでは何も異常はありません。どうして子供がしても何も生じないのか不思議です。
とりあえず，ここに辿り着けたのでよしとします。又，原因が分かりましたら報告します。どうもありがとうございました。
ついでと言っては何ですが，起動時にNorton WinDoctorをかけると，BOOT DriveとTemporary InternetのあるDriveにエラーメッセージが出て，再起動するとDisk Checkがかかります。この原因は一体なんでしょうか。

>MSはセキュリティが全くないFATをいつまで使うのでしょうか？

　そんなモノ気にする必要がない、という人が極少数になるまで:-)
#気にしはじめると、鍵つきのマシン室と入室のチェック機構が必要になるし

>MSはセキュリティが全くないFATをいつまで使うのでしょうか？
DOSで起動してシステムのリカバリをしなくてすむ日がくるまでだと思いますよ。業務用のサーバだと、メンテナンスの容易さから、ブートドライブをFATにする傾向が強いです。FATにしておかないと、故障が起きた場合にWindows2000ならばまだ何とかなる可能性がありますが、WindowsNT4.0以前だと、再インストール以外に方法がない場合が多いです。

Systemハイブは以前から問題になってましたね。そうか、こんな簡単な回避方法があったのですか…いや、別にシステムファイルもデフラグ可能にすればいいだけなのに。

#2000でデフラグするとき、枠が部分的に消えるのが気になるのは私だけ？

>断片化しにくいだけです。
FATより断片化しやすいと聞いたことがあるのですが・・・・。
#どこでだったかなぁ・・・かなり前だからなぁ・・・

>FATより断片化しやすいと聞いたことがあるのですが・・・・。
FATは構造上ディスクサイズが大きくなると、クラスタ数の問題でクラスタサイズも大きくなります。(NTFSと比べての話ですが)
よってクラスタ1つで収納できるファイルであれば必然的にFATの方が断片化する確率は低くなります。
(NTだと最小512バイトですがFATで512バイトクラスタにすると..使い道の無いドライブが完成します。)
個人的にはNTでFATを使う利点は仮想メモリ用のドライブの為だけのように思います。