デフラグ時のファイル再配置を止めれば速くなるんじゃないかな。
デフラグについては過去ログに色々載ってると思うので、検索してみてはどうでしょう？

Windows2000では時間がかかるようですね。HDDの容量や分散の度合いにもよるでしょうが、私の所でも結構時間がかかっています。
Windows98環境でもHDDの容量が多いと（ファイルも多いと）結構時間かかりますよ。

あまりお気になさらなくてもいいと思います。

時間が気になるようだと、ノートン先生の出番かも。
ただ、壊された発言も結構あるのであくまで自己責任で導入してください。

Win2000だと設定できなかったみたいですね(^_^;)
ゴミ書き失礼しました。

FAT32なのは窓98とのデュアルブートだからですか？
もしそうなら、窓98側から窓2000のパーティションにデフラグをかけてやれば数分で終わります。

Win2k付属のデフラグはDiskeeperのOEM（Win9xはNortonSpeedDiskのOEM）でもともとNTFSのデフラグをメインとして作られており、
最適化アルゴリズムはずいぶんと異なるようです。
特に空き領域が不足すると異常に速度が低下します（特にNTFSの場合空き領域にはシステムの予約領域も含まれていて、予約領域は使用済みとみなすことの注意）。
さらにOSの構造上Win2kはFATパーティションのディレクトリのデフラグができないので（OS起動中はディレクトリを移動できないため）、
単純にFATをデフラグしたいのであれば、Win9xでデフラグのほうが早いです。
なお、Diskeeper製品版は起動時にディレクトリやMFT等の通常でフラグできないものをデフラグできたりするため（ブートタイムデフラグ）、
Win NT/2000ではDiskeeperのほうが有利なようです。
私はNortonSpeedDiskとDiskeeper両方使っているのですが、逆にWin9x版ではNortonSpeedDiskのほうが圧倒的に快適です。

Diskeeper体験版は以下のページで落とせます。
http://www.sohei.co.jp/
Ver.5からPC-9800正式対応がなくなってしまいましたね・・・（Ver.4までは正式対応してました）。

プリインストールされている初期状態がFAT32なのです（VAIOノート）。ノートンでもやってみましたが時間は同じくらいかかります。Win98はデスクトップのほうに入れてあるのデュアルではありません