Win98側にインストしたWINCDRがWin2000側のシステムに何かしら悪さをした(ファイルを放り込んだ)のだとは思いますが・・。

とりあえず、WINCDRをアンインストしてみてはどうですか？

Windows９８が起動するという前提で話さして頂きます。

fdiskでWindows２０００の入っている領域をアクティブにして再起動でしょうか？

又は、Windows２０００のboot.iniが書き変わったか？
近くにboot.oldとかboot.bakという物が有ったら
名前を”boot.ini”に書き換えて保存するか、
現在のboot.iniを書き換えてください。

ただし、boot.iniは読みとり専用・隠しファイルの属性を外さないと編集出来ません。

WINCDRを試しにアンインストールしてみました。
しかし駄目でした・・・。
boot.iniですか・・・c:(win2000が入っているドライブ）にひとつありますね。
しかし、boot.oldやboot.bakなどのファイルは存在していませんね。
・・・・こ・・困った・・。
ちなみにｃ：（ｗｉｎ２０００が入っているドライブ）はデフォルトでアクティブに
なっていました。
・・・皆さんとにかく情報をお待ちしています。よろしくお願いします。

Safe modeでWindows２０００は起動しますか？
又は、修復ディスクは作られていまか？

残念ながらSafemodeで起動させても同じ現象が起こってしまいます。
修復ディスクも残念ながら作っていません、
修復ディスクとは一体なんですか、どうやって作ればいいのですか？

あと修復ディスクは他の２０００を積んだパソコンでも作成できますか？

　修復ディスクはスタートメニュー→アクセサリ→システムツール→バックアップから作れます。ちなみにこのディスクから起動できるわけではないのでご注意を。セットアップディスクから立ち上げて、修復セットアップを行うときに使います。

　他のPCで作った修復ディスクが使えるかどうかは・・・？？？ 何となく、基本的な環境が同一であれば（同じくデュアルブートで、窓2000の導入ドライブとインストールパスが同一であれば）使えるような気はするのですが・・・。そう甘くはないかも(^^;)

使えません。
ソフトウエア構成が違うだけでも構成が違います。と怒られます。

起動だけならNT4.0の方法でいけるかも。
NTLDR,NTDETECT.COM,BOOT.INI,BOOTFONT.BINは必ず必要、あればBOOTSECT.DOS
SCSIからの起動ならNTBOOTDD.SYSをNTでフォーマットしたDISKにコピーすれば
FDのBOOT.INIを使用して起動可能になります。
BOOT.INIは標準で下記の構成だと思います。
[boot loader]
timeout=30
default=multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)WINNT
[operating systems]
multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)WINNT="Microsoft Windows 2000 Professional" /fastdetect
c:"windows98"

ほんださん＞
このファイルＦＤにいれ修復ディスクとして使うのですか？
nedetect.comというファイルは
c:
c:winnt$NtSdrvicdPackUninstall$
c:winntServicePackFilesi386
に３つ存在しますね、どれをＦＤに入れればいいのでしょうか？
あとフォーマットは２０００のＰＣでフォーマットすればよいのですか？

セットアップディスクからの立ち上げ方も分かりません。
皆さんお願いしますm(_ο_)m

10の件ですが
このFDは起動用のFDで修復自体はできません。
Cドライブのルートのやつでいいと思います。$〜$のやつはバックアップ、I386はサービスパックそのものです。断言できませんが2000でフォーマットがいいと思います。NTFSのバージョンのこともあるので。
でもエラー内容はNTのカーネルが落ちてるようなのでFDでも起動できないかも。
回復コンソールが起動できればまだ望みはありそうですが...

パソコン起動時に作成したＦＤを挿入して、
起動させると、何度かＦＤを読みそれから２０００か９８を選ぶ画面になります。
しかし、その後は、さっきとまったく変わらず、青い画面になり再起動してしまいます。
・・・。他に方法はありますか？

あとはWin2000CD-ROMから起動して回復コンソールでChkdsk c: /r ですかね。
再起動して駄目ならもう一度回復コンソールでFixboot c:
それでも駄目ならFixmbr deviceharddisk0 (Disk0の情報を修復する場合)
修復ディスクを一度も作成してないのであればレジストリのバックアップも多分ないので完全修復は難しいかもしれません。STOPエラーの内容さえわかれば...
WINCDRはASPIのファイル程度しかシステム区画に書き込まなかったと思うのでもしかしたらハードのエラーですかね？

度重なる質問すみません。
ほんださんの提案通り作業を進めていきたいのですが・・・
Win2000のＣＤ−ＲＯＭからの起動のやり方や、回復コンソールのやり方など
さっぱり分かりません。・・・すみませんがやり方を簡単に教えていただけないでしょうか？
よろしくお願いします。

WIN98に入れたWINCDRのファイルを特定して
WIN2000側から削除というのはいかがでしょうか。（*.EXE・*.DLL等）

または、CDRはＳＣＳＩですか？ＳＣＳＩボードを取り外して起動とか？

WIN98側に入れたドライバーだったらコントロールパネル→システム→
デバイスマネージャで特定できるでしょ、それがWIN2000側に有れば即削除でね。

それでもだめなら、それ以外の増設ボードも同様に取り外し起動とか？

システムボードのBIOSでCD-ROMを最初の起動デバイスする様にしてCDから起動するだ
けです。
修復セットアップの選択肢の中に回復コンソールがあります。
Win2000を最初に導入した時に新規導入と修復セットアップの選択があったと思います
が。

ASUSの比較的新しいマザーボードを使用しているのですが、
これにはboot sequenceの所でＣＤドライブを選べないのですが・・・
一体どうすればよいのでしょうか・・・・？

起動ディスクを作成するしかないですね。Win2000のCDにBOOTDISKというディレクトリがあるのでMAKEBOOT.EXEもしくはMAKEBT32.EXE(NT上での起動のみ)で作成できます。
システムBIOSで選べないとなるとSCSIっぽいですね。SCSIBIOS搭載されたボードで無いと起動は無理ですね。
この場合SCSIボードのドライバも必要です。FD起動時F6を押して導入してください。
話は戻りますがSCSI接続のHDDから起動してなければカーネルアンドピーチさんのSCSIボードごと一時的に取り払うのも非常に有効だと思います。

みなさんのお陰でうまくはいったもののシステムがかなり不安定になってしまい、
再インストールする事になってしまいました。
でもいろいろ得たものもありましたので、みなさんどうもありがとうございました。