IME2000のツールバーが消える現象が報告されていますが、原因のひとつとして、BENCH3.22を実行(DirectDrawを実行)するとIMEツールバーが消えるそうです。
http://www.hdbench.net/
から、IMEONという復活ソフトをダウンロード出来ます。
うちでは、半年ぶりにこれで復活しました。