１：
コンベンショナルメモリとは電源投入時に表示される 640KB の部分で昔はこの部分しか利用できませんでした。
DOSのゲームをプレイするとなると560KBは必要なので昔は苦労しました
２：
ちょっと解りません。
現在使用しているマシンに窓９ｘが入っていないので(^^;;
３：
ハードディスクのメディアチェックを行っています
不良セクタの検出等の論理的な問題を修正してくれます。

＃こんな答え方で合っているのかな？
＃識者の方レスよろしくおねがいします(^^;;

＞コンベンショナルメモリとは電源投入時に表示される 640KB の部分で昔はこの部分しか利＞用できませんでした。
＞DOSのゲームをプレイするとなると560KBは必要なので昔は苦労しました

ということは、DOSはこのメモリ上で動いていると考えてよろしいのですか？
メモリ不足にかなり苦しめられたとか・・・。
３：不良セクタということは、書き込みミスや読み込みミスで生じた破損したファイルだと思うのですが、この破損ファイルをどうやって復元しているのでしょうか？
変な復元のしかたをするとファイルがおかしくなるような気がするのですが・・・。
また、個人的には、
コンベショナルメモリ不足というのを解消して、スキャンディスクをスキップしないような設定にしたいと思ってます。どうしてコンベショナルメモリ不足になるのかがよく分かっていません。

> 不良セクタの検出等の論理的な問題を修正してくれます。

不良セクタは物理的な問題だと思いますが・・・。

> ということは、DOSはこのメモリ上で動いていると考えてよろしいのですか？

その通りです。

> この破損ファイルをどうやって復元しているのでしょうか？

物理的に破損したセクタは修復不可能だと思ってください。
破損セクタは「使用禁止」のマークがつけられ、そのまま使用しなくなります。
スキャンディスクで生成する*.chkファイルはFAT(File Allocation Table: FATファイルシステムの管理領域)の不整合が発見された場合に不整合が発生した場所に書き込まれていたデータです。

> コンベショナルメモリ不足というのを解消して、スキャンディスクをスキップしないような設定にしたいと思ってます。

A:にあるconfig.sysとautoexec.batを適当な名前に変更したらどうでしょう？
コレでダメなら、それぞれのファイルの内容(両方ともテキストファイルです)をここで書いていただければ詳しい方からの回答が得られると思います。

コンペショナルメモリーが足りないのは、ドライバーなどの設定が不適当だからです。
６４０Ｋの中で、ＣＤ−ＲＯＭドライバーとかいろいろとメモリーを消費するので、ＳＣＡＮＤＩＳＫが動くだけの空きが無いわけです。
ＤＯＳ環境でコンペショナルメモリーを空けるには、ＨＩＭＥＭ．ＳＹＳを組み込んで、
ＤＯＳ＝ＨＩＧＨとか、ＵＭＢとかＥＭＳを活用して、ＤＯＳ本体とかドライバーなどを
６４０Ｋの外へ追い出してください。
で、肝心のその設定をする所ですが、Ｗｉｎｄｏｗｓが起動するドライブのルートディレクトリーにある、Ｃｏｎｆｉｇ．ｓｙｓかＣｏｎｆｉｇ．ｄｏｓのどらかでしょう。
その辺は、私はあまり詳しくないので、他の方にお願いします。
でも、普通はＣｏｎｆｉｇ．ｓｙｓにはメモリーを空ける仕掛けが、Ｗｉｎｄｏｗｓをインストールする時に組み込まれるはずなんですが…
私のシステムでも、（私自身は）何も細工をしなかったのに、ＤＯＳ窓の中ではＤＯＳ用ＦＥＰはＥＭＳに追い出されているし、ＤＯＳ領域はＨＩＭＥＭに追い出されています。

多分ですねと前置きして、A:に存在するCONFIG.SYSをメモ帳か何かで開いて下さい。
恐らく、
device=A:WINDOWShimem.sys
device=A:WINDOWSEMM386.EXE RAM
devicehigh=A:WINDOWSiling.sys
devicehigh=A:WINDOWSjfont.sys /p=A:WINDOWS
devicehigh=A:WINDOWSjdisp.sys
devicehigh=A:WINDOWSjkeyb.sys /106 A:WINDOWSjkeybrd.sys
devicehigh=A:WINDOWSkkcfunc.sys
こんな感じではないでしょうか？（上記例はAT互換機より編集）
で、ご自分のCONFIG.SYSの中に
dos=high,umb
って項目がありますか？　無ければこれを先頭行に追加して下さい。
それで再起動時にSCANDISKがメモリ不足で起動しない症状は改善さ
れると思います。

↑上記の日本語フォント系のドライバはAT互換機特有の様な気がするんですけど・・・・

DOS=HIGH,UMB
DEVICE=A:WINDOWSHIMEM.SYS
DEVICEHIGH=A:WINDOWSEMM386.EXE /UMB

めちゃ少ない（＾＾；ですけど、一応Aドライブ起動を想定した上でのPC-98向けのConfig.sysの設定です。
KenさんがDOSゲーをする為には560KBは必要だと書かれていますけど、たったこれだけの記述で、どの機種でも600KB以上は空くと思います。
ただ、この記述ではCD-ROMドライブを認識しません。
私の場合ですと、Win98nフォルダがHDD上にある為にDOS上でCD-ROMドライブを認識させる必要が無いのと、MS-DOS6.2と共存している（ドライブは別）為、パスの設定がそちらになっていますので・・・・
多分、どこかにあるNECCD.SYSへのパスを書いておけば、大丈夫だと思います。（＾＾；
これに、勝手にリネームされていると思いますので・・・・
これを入れたとしても、やはりHIMEM領域へ追い出せば、590KB以上は空くと思います。←こっちは、あまりハッキリと覚えていません。

＃しかし、HIMEM.SYSだけでSCANDISKは動くような気もするんですけど・・・

とりあえず、自分が以前使っていたPC9821での設定の一部を・・・

dos=high,umb,auto
device=a:windowshimem.sys
device=a:windowsemm386.exe ram highscan

これ以外にも記述が続くのですが、必要最小限を表記してます。
dos= の部分に auto を指定しておくと、可能な限りデバイスドライバなどを
ＵＭＢに逃がしてくれます。 （Files や Lastdrive 等も含まれます。）
これで、コンベンショナルメモリが確保できると思います。

> この破損ファイルをどうやって復元しているのでしょうか？
> 変な復元のしかたをするとファイルがおかしくなるような気が
> するのですが・・・。

そのとおりです。スキャンディスクが復元したファイルは、たいてい壊れています。
結局は削除するしかありません。
たまに、復元に成功することもありますから、重要なファイルが壊れてしまった場合には、とりあえず復元されたファイルをチェックした方がいいです。

>しかし、HIMEM.SYSだけでSCANDISKは動くような気もするんですけど・・・

　圧縮ドライブが存在するとDRVSPACE.bin（DBLSPACE.bin）が
コンベンショナルに居座っちゃうんですよ。こいつをUMBへ
追い出さないと、HIMEM.SYSだけではSCANDISKが動くだけの
コンベンショナルを確保できないようです。
（つまり、EMM386.exeでUMBの確保が必須ということです）

　あと、必要なコンベンショナルメモリはドライブ容量に
比例しているような感じを受けました。上記のようなコン
ベンショナルが圧迫されている状態で1Gの領域はOK、3Gの領域
はNGだったので。。。（再現性まではみてないので自信は有りません）　

３．について。

　正直、自信は無いのですが、自動SCANDISKはどうも、
フリーズ時（強制リセット時）にオープンしていたファイルの有る
ドライブを検査する臭いです。何度もフリーズさせた（＾＾；；；）
僕の感想です。

それと、重箱ですみません。。。

＞dos= の部分に auto を指定しておくと、

「DOS=」は「AUTO」がデフォルト値なので、あえて明示
する必要はないと思います。Win付属のTEXTに書いてありますよ（＾＾）。

「NOAUTO」にすると大変なことになりますが。。。（＾＾；；；

>↑上記の日本語フォント系のドライバはAT互換機特有の様な気がするんですけど・・・・

ハイ。私はX68000からWindowsに流れた人なので、98の事がわかりません(笑)
AT互換機の場合は大抵この症状が出た場合、件の行追加で済むので前記通り
の発言と相成りました。外野でしたね。すいません。

＞「DOS=」は「AUTO」がデフォルト値なので、あえて明示
＞する必要はないと思います。Win付属のTEXTに書いてありますよ（＾＾）。

改めて読み直して確認しました。 ご指摘有り難う御座います。m(_ _)m