CDキー入力のあと、特殊な詳細オプション選択の詳細オプションでファイルの場所とインストール先の選択ができます。
あと、最初に新規インストールの選択をお忘れなく。

どうも　ｍｕさん　ありがとうございます。ＨＤＤ−１はＷｉｎ９８上でFAT32のＣ，ＥドライブとLinuxに３領域，別ドライブのＨＤＤ−２にFAT32のＤドライブとなっています。
このとき　空き領域にインストールすると　Ｇ：　とドライブレターが割り当てられて
しまいます。ｍｕさんの方法だとドライブレターの選択画面がでてくるのでしょうか？

追加です。１台目のＨＤＤの空き領域にＮＴＦＳフォーマットで
インストールしようとしています。すでにＦＡＴ３２のＤドライブが２０００の
インストーラに表示されているので無理なのでしょうか？２台目のＨＤＤを
ＰＣから一時的に外し　それからインストールしようかと思いますが　１台目の
ＨＤＤにもＦａｔ３２が２つ確保してあるので　Ｄドライブが無理でもＥドライブ
でインストールしたいのですが　昨日それをしようとしましたがうまくいきませんでした。
システムコマンダー２０００で拡張領域に空き領域を作っています。
よろしくお願いします。

ドライブレターって基本領域や若い方のHDから割り振られるので、それを考えながらやれば出来ませんか？
１台目の基本領域がCドライブでWin98、次に２台目のFAT32がDドライブということは、これも基本領域ですよね。で、1台目のEドライブとLinuxが拡張領域の中の論理ドライブ。多分この拡張領域をシステムコマンダーで操作して新たな論理ドライブを作ったんだと思いますが、これだと当然Gドライブになります。1台目の基本領域(C)、２台目の基本領域(D)、１台目の最初の論理ドライブ(E)、Linux用の２番目の論理ドライブ(F)、そして新たな３番目の論理ドライブ(G)となります。
1台目のHDにDドライブとして入れたいなら、２台目の基本領域より優先される１台目のHDに２つ目の基本領域を作るか、２台目の基本領域を拡張領域にする必要があると思います。１台目のEドライブに入れるなら何もせずともWin2kのインストール時にインストール領域の選択画面が出て選ぶだけのはずなんですが。出ませんか？ちなみに２台目のHDをはずしてインストールしても、再度つなげたらドライブレターが狂うのでWin2kが起動しなくなります。

豆さん　詳しい説明ありがとうございます。