方法その1
Windows2000の起動ディスクかCDかでPCを立ち上げます。
それから、Windows2000のセットアップを実行しOSのインストール先などを選ぶ画面が出ると思います。そのとき、対象とするパーティションをフォーマットできると思うので、そこでFAT32でフォーマットします。フォーマットが終われば、F3キーでセットアップを終了させてしまうという方法です。
他にもいろいろな方法があるでしょう。
OS選択の画面を消すのには、Windows98を上書きでインストールすると出てこなくなると思います。
う〜ん、かなり荒業な用な気もしますが参考にしてください。

お話の説明内容だけではやや不十分な点があるのですが(^^;
(どのドライブがNTFSで、どのドライブがFAT(32)か、など)、
先ず、Win2000は基本的にアンインストールできません(アンインストーラーが無い為(ある意味当然ですが))。
又、Win98やWin2000の基本的な機能にはNTFSからFAT(32)に変換する機能は有りません。

ですので、NTFSのドライブはWin2000上で削除するか、
Win2000のNTFSブートドライブを削除する場合は、Win2000のセットアップを
FDやCD-ROMで実行し、途中で「修復または回復コンソール」[F10]を押して
Win2000のコマンドプロンプトを出し、「DiskPart」コマンドを利用して
NTFSドライブを削除します。

「修復または回復コンソール(Recovery Console)」については、こちらの情報もどうぞ：
http://www.microsoft.com/JAPAN/support/kb/articles/J052/5/88.htm

NTFSってFDISKで削除出来ませんでしたっけ？不明のフォーマットだか、DOS以外のフォーマットだかと表示されるだけで削除出来たような気がするんですが。思い違いか。

> NTFSってFDISKで削除出来ませんでしたっけ？
NTFS が基本領域なら削除できますが，拡張領域内の論理ドライブだとダメだったと思います．
削除方法は，みなさんおっしゃるとおりセットアップのインストール領域指定時に
削除してセットアップを抜けるのが手っ取り早いです．