Windows2000と98を同一パーティションにインストールし、なおかつ「Program Files」フォルダを共有していますが、さほど困った事態は起きていません。
私の場合、その方がHDDの節約になるとどこかで読んだものですから。
今のところ、唯一ICQのみが同一フォルダへのインストールで動作がうまくいきませんで、その時は試行錯誤が面倒で別フォルダにインストールしてしまい、そのままになっていますが。
大雑把なところで、OFFICE2000・IE・UO・EQ・Diablo2・WinDVD2000など、同一フォルダへのインストールで問題無く両方のOSから使用出来ています。
ただ、別々で管理した方がトラブった時の対応が容易なのは確かでしょうね。

OSが、それぞれ別パーティションにインストールされている場合はダメって事なんでしょうかね？

109893でのかげまるさん。すいませんが、引用させていただきます。
””フリーソフト系の単に設定値をレジストリに記録するタイプならば、共有使用するパーティションに置いてそれぞれの環境から呼び出しても大丈夫でしょう。(^^)

ただ、オフィス系とか商用アプリ系は軒並みダメだと思うので、それぞれのOSパーティションか、共有パーテイションにそれぞれ用のProgram Filesフォルダみたいなのを作り、「それぞれの環境用に」二度インストールしてあげる必要は有ると思いますね(＝容量も２倍消費します。)””

一太郎７．０とフォトショップ５．０では今のところ、大丈夫のような感じなんですが。
ＷＩＮ２０００ではまだためしていません。

　今問題が無くて、その環境のままで使い続けるなら、HDD節約のための二重インストールもいいと思いますけど、バージョンアップをしたり、アンインストールをしたくなったときは話が面倒になりますね。

　整合性をとるためには、最悪両方の環境でOSから入れ直さないといけなくなるかもしれませんし・・・(^^;)

私も一緒に入れてます
３０ＧのＨＤＤをつっこんでますが、
ＤＯＳの時代にＳＡＳＩの４０Ｍを７千円で買ったのが忘れられず（？）
もったいなくてとてもじゃないけど

ちなみにオフィス２０００を共有してますが、問題は起きてないです。
・・・いや、起きてるのかもしれないけど。。。

えーと、私の発言でしたね。(^^;

で・・同一フォルダにそれぞれのSE環境から「重ね書き」でインストしているのでしょうか？それしか方法が考えられないのですが。

うーん、それでもちゃんと動くのか・・。
アンインストの時がちょっとヤバそうな気はしますが。

CE9Aさんの言われるとおり、HDD容量の節約と引き換えにかなりナーバスな環境になりやすい気はします。私のスタンス(安定して長期稼動させる)だと理論的には出来ると分かっていてもちょっとやりたくないし、あまり薦められません。少しでも変になったら、スッパリとOSから再インストールという割り切りで運用するのならば良いかもしれませんが。

まま、ここはその人のスタンス次第ですね。

「できる」「できない」で言えばできるのでしょうが、通常はサポートしていない使い方だと思いますが．．．

# レジストリなんていう腐った仕様はどうにかならないものだろうか．．．