追加
　　接続にはモデムを使用しています。
　　友人の話によると、雷が原因ではないかとも言われました。

インストール先のドライブに既に"WINDOWS"フォルダが存在してた可能性が有ります。
再インストール時にHDをフォーマットしましたか？

Windows.000フォルダは、以前あったシステムに上書きしない形で新規インストールという形で行った時に出来たと思います。新規インストか修復インストか選択肢がインストの際に有ったと思いますが。あと、インスト先フォルダの指定(規定はc:Windows)とか。今のままでも運用できると思いますが、スッキリしないならばXENOさんの言われるとおり、HDDフォーマットからやり直したほうが良いと思います。

＞また、この状態になってからプロバイダへの接続にかなりの時間がかかるようになりました。

ダイヤルアップのプロパティ内の設定で、「リモートネットワークへのログオン」という項目にチェックがついていませんか？チェックされていると接続完了に時間がかかります(パスワード確認から約1分ダンマリ)。以前の環境ではチェックが無かったのではないかと思います。

＞友人の話によると、雷が原因ではないかとも言われました。

ソレは無いと思います...。(^^;

　XENOさん、かげまるさんお書きですが、窓9Xのセットアッププログラムのデフォルトでは、インストール時に既存の"WINDOWS"フォルダがある場合、「上書きはしない」「仮フォルダ名が"WINDOWS.000"」となっているようです。

　で、これは普通、セットアップの途中で、既存の"WINDOWS"フォルダに対して上書きするかしないかの確認が行われるはずなので、今回の場合はそれを見過ごして「次へ」「次へ」とやってしまったのだと思います(^^;)

　追記：
　もしも、セットアップの途中で上書き確認が行われないようなら、セットアップ元ディレクトリ内にある"MSBATCH.INF"内の記述がそのようになっていると思われるので、同ファイルを削除するか、記述内容を手作業で編集するかしてください。
＃編集方法に関しては、細かく書かなくとも開いてみればわかると思います(^^;)。うまく編集すれば、ユーザー名やCDキーの入力からネットワーク設定まで自動で行わせることができますよ。

ご指導ありがとうございます。
一度再インストを行ってみます。（前回のとき自分ではうまくできたと思ったんだけど・・）
モデムの件は、かげまるさんが書かれているように
チェックははずしてあります。
接続に時間がかかると言うのは、何回もリダイヤルをして
やっとつながるような状態です。
前はこんなことはなかったのですが・・・

＞接続に時間がかかると言うのは、何回もリダイヤルをしてやっとつながるような状態です。

ああ・・そういう意味でしたか。f^^;
モデムって、内蔵モデムですか？だとするとWinモデムだしドライバかなぁ。
私もノートでなるときありますが、一度電源を落として再起動してからやると(モデムのROMなどにハード的なリセットをかけてやる)良くなるパターンが多いですが。一度リダイヤル地獄にハマッてしまうとダメな場合が多いと思います。