私の場合もファイル数が多いと(フォルダ階層も有るかもしれませんが)非常に開くのが遅くなりました。Win98・１０Ｇ・128MのDOS/Vです。ファイル数が多くなってくるとWindows側が認識に時間がかかるのかもしれません。(フォルダ以下のファイル数などを確認しているのでは？と思います。Windows95OSR2.5では問題なかったのですが…)
回答になっていなくて申し訳有りません。私も以前から同様の状況でお気持ち察します。

11/6のアンチウイルス定義ファイルは関係ないですよね。

マイドキュメント内に、長い日本語ファイル名が有ると、開くのに異様に時間がかかるようになる・・とかは聞いたことがあります。私は独自フォルダを掘っているのでマイドキュメントはあまり使わないですが。

初心者ですが、完全のスキャンディスク＆プログラム早くにチェック付きで、デフラグで、
再起動したら、早く成るようなですが？98SE&メモリ59MBです、マイドキ容量100MBで、
品物別にフォルダを沢山分けています、重い動画とか、画像は、Cに分けて保存してます
パクパク速く開きますが、液晶画面のノートＰＣの方わ、凄く遅いですME&64MBですが。

そういえば、ＦＤに長い日本語ファイルを沢山入れたら、規定のサイズより少なくしか
入らなくって、調子悪かったです。初心者の意見でした。おわり

　マイドキュメントフォルダの直下に、ファイルがいくつくらいありますか？
　容量もそうですが、ファイルの数も結構開くときの重さに左右されると思います。
　Wordなどを使っていて、バックアップファイルなどが重なりに重なって1,000個とかになっていたら重くなります。
　「フォルダオプション」で「全てのファイルとフォルダを表示する」にしてみて、ファイル数をチェックされてみてはどうでしょうか

どるこむや2chのログファイルが1000個を超えています。
K6-IIIE+500を600MHzで動かしても遅いです。
これは、いくつかのフォルダに分けないといけないですね。

一つの階層に、たくさんフォルダ、ファイルがあるとそれを読み込むのに時間がかかります。また、２バイトで長い名前のフォルダが多いと時間がかかります。
わたしにはそこまでしかわかりません。

Wevの階層を表現したような、多階層や多ファイルの、ドライブやフォルダーにアクセスすると、エクスプローラー自体の反応が極端に遅くなる事がしばし在ります。どうにかすると、フリーズ状態に陥ってしばらくしてから、（数分してから）開き出すなんてこともあります。
Gethtmlwや、iria等のファイル取得で、Wevの階層を表現しているドライブがあると起こりやすいです。

ちょっと実験をしましたが
・ファイルの多さ
・日本語名
はまったく関係ないみたいです。
My Documentsフォルダの内容をそっくり他のフォルダに移動して何度か開閉実験をしました。
結果サクサク動きます。

いろんなツールのデフォルトフォルダに設定されているのが原因の一端なのだと思いますが・・・。

一体何が原因なのかな〜？

　これまでの皆さんの助言からご自分の環境で考え得る原因について片っ端から対処されてはいかがでしょうか。
　どれが云々よりも、とりあえず解決した方が精神衛生上もよいと思いますので。
　ちなみに私も画像ファイルやら各種ドキュメントやら一切合切をマイドキュメントに入れていましたが、開くのに時間がかかるようになったので整理したら元に戻りました。
　ついでにやれやれさんの言われるようにスキャンディスクをかけたりデフラグを行ったりもしています。

　ちなみに、USBで繋がっている外付けのHDDケース（RX-35U3：元ドライブLT23の内蔵Hitachi製IDEの2GB）ですが、特定のフォルダを開こうとしたとき、そのフォルダ内に1,000個前後のファイルを置いておく場合とそうでない場合とでは、開くまでに明らかな速度上の体感差を感じます。
　内蔵の高速HDDとUSBの転送速度を同列には比較にもなりませんが、一応、転送速度がトロいインターフェースを経由すると明らかな差が出るという事例です。参考までに・・・。

　実は、内蔵HDDの転送がDMAになってなくて、PIOになってたりするかもしれません。