＞マイドキュメントとIEのFavoritesフォルダ（お気に入り）をOSのあるパーティションではなく共有しているパーティションに移して使いたいと考えているのですが、問題はないでしょうか？

問題無いと思います。それぞれのOSのレジストリ内部に埋め込まれているマイドキュメントとFavoritesフォルダのパスを探し出して書き換える必要はありますね。

＞アプリケーションも可能な限り共有したいのですが、インストールする必要がないプログラムで、設定などは全てレジストリにだけ書き込まれるようなプログラムなら大丈夫なんでしょうか。

フリーソフト系の単に設定値をレジストリに記録するタイプならば、共有使用するパーティションに置いてそれぞれの環境から呼び出しても大丈夫でしょう。(^^)

ただ、オフィス系とか商用アプリ系は軒並みダメだと思うので、それぞれのOSパーティションか、共有パーテイションにそれぞれ用のProgram Filesフォルダみたいなのを作り、「それぞれの環境用に」二度インストールしてあげる必要は有ると思いますね(＝容量も２倍消費します。)

d:Program Files2000とd:Program Files98を作るとか。

ドライブレターのズレの問題も発生しないように考慮されているようですし、あまり問題は無いかと思いますよ。

＞問題無いと思います。それぞれのOSのレジストリ内部に埋め込まれているマイドキュメントとFavoritesフォルダのパスを探し出して書き換える必要はありますね。

単に移しかえればいいと思ってたんですが、手動でレジストリを書き換える必要があるんですね。
さっそく調べてみます。
実は先ほど試しにマイドキュメントのプロパティからターゲットフォルダを両OSでドライブEに変更して使ってみたのですが、中のMy PicturesフォルダをWin98から開いた時に、2000のようなサムネイル表示になっていて、そのあといじってるうちにアイコン表示にかわる怪しい動きをしてちょっと不安でした。
このフォルダだけはやはり特殊なのかWin98上でWeb表示には出来ないみたいですね。

＞d:Program Files2000とd:Program Files98を作るとか。

なるほど、そうしたほうがOSパーティションにインストールするよりはそうしておいたほうがなにかと後々便利そうですね。どうせHDDスペースはどうせかなり余っているので。
なぜか今までそれに気がつきませんでした（汗）

かげまるさん　いろいろどうもありがとうございました。

>手動でレジストリを書き換える必要があるんですね。
結構簡単ですよ。

My Documentsは右クリックで変更できます。

　でも、そこまでやるのなら"My Documents"なんて押し付けのフォルダを使うことにこだわらなくてもよいと思うのですが・・・(^^;)

>でも、そこまでやるのなら"My Documents"なんて押し付けのフォルダを使うことにこだわらなくてもよいと思うのですが・・・(^^;)
う・・・確かに（汗）
まあ保存を選択した時にデフォルトがマイドキュメントになってるアプリなんかで手間が省けるのと、Win2000でMy Picturesフォルダの画像も壁紙に選択できることぐらいですかね。
うーんでもやっぱり大したことではないですね・・・(^^;)