そのフロッピーはたぶんAT互換機用の起動ディスクなのだと思います。
まずはMS-DOSを起動して、CD-ROMの中に入っているプログラムを使ってPC-98用の起動フロッピーを作成してください。

　PC-98用のセットアップFDですが、窓9X上でNT4.0のCD-ROM内の「PC-98」ディレクトリ中のWINNT32.EXEを実行することで作成できます。
＃DOS上からでも作成できたはずですが、そのオプションは失念してしまいました。

[NT]Windows NT 起動 ディスクの作成方法
http://www.microsoft.com/JAPAN/support/kb/articles/J041/8/99.htm
CE9Aさんのとあわせて読んでください。

ＮＴのフルインストール版には、NEC用と、PC/AT用とそれぞれ３枚づつの起動ディスクセットがついています。
対応策は皆SMAのおっしゃるとおりです。

　ECC-EDOさんが調べてくださったDOS上で作成する方法の方が簡単ではあると思いますが、窓9XのGUI上で作成する手順を調べ直したので一応書いておきます。

1）窓9Xのエクスプローラ上でNT4.0のCD-ROM内「PC-98」ディレクトリ中のWINNT32.EXEを実行。
2）表示されるダイアログの「オプション」をクリック。
3）「ブートフロッピーを作成」にチェックが入ってることを確認。「ローカルソースを作成」の方はチェックを外しておく。これで「OK」にして「オプション」ダイアログを閉じる。
4）以降「実行」をクリックすると＃3から順番にフロッピーが作成されます。指示に従ってフロッピーを入れ替えてください。

　以上、相原さんのやりやすい方でどうぞ。

＞＃DOS上からでも作成できたはずですが、そのオプションは失念してしまいました。

DOSから起動FDDを作成するには、オプションで　/OX　を追加すれば良かったように思います。 WINNT /OX みたいな感じで。
NTのCD-ROMの中にAT互換機用のフォルダと９８用のフォルダがあって、それぞれにWINNT.EXEが入ったはずですので、必要な方のものを使用すればよろしいかと。

ちなみにCE9Aさんの方法ではAT機でもPC-98のブートディスクを作ることができたはずなので、他に使えるパソコンがあれば便利ですね。
その時でも98用ディレクトリ内のwinnt32.exeを使うことを忘れずに。

ちなみに、Workstationでは、DISK2のSUPPORTBOOKSが、ファーストステップガイドになってます。（マニュアルと全く同じ＝そこにもブートディスクの作成法が書いてあります。）

今、書いてから読み返してみると、あまり詳しくなかったので、
DISK1のPC98Setup98.txtがよろしいかと…
注意点としては、1.25Mフォーマットで3枚用意する事ぐらいかな。

たくさんのお返事有難うございます。皆様のアドバイスどうりに何度もチャレンジ」してみたのですが失われたエクスポート〜にリンクされています。
というメッセージが出てもうどうにもなりません、どうしてでしょうか？
それともう一つなぜかWIN98にアップグレードするとフロッピーが認識されなくなります。
ご存知の肩がいらしたら教えてください。ちなみに私のPCはPC-9821XA12です。

どうしてもＦＤＤが使えないのなら、ＨＤＤからセットアップしてみてはどうですか？
詳しい設定方法はWINNT /? とする事で表示されます。使用するＨＤＤの
一時領域をＦＡＴ１６で用意することを忘れないでくださいね。