NT系にはDOS/窓9XのSYSコマンドに相当するものはありません。

　バックアップしたものを書き戻した後で、窓2000の修復セットアップを立ち上げて、起動ファイルの修復を行ってください。

Windows2000上では、自分自身（起動中のOS）をコピーできないようです。
市販のコピーツール（DriveCopyとかNortonGhost等）を使うのが一番簡単だと
思いますが、一時的に別パーティションにWindows2000をセットアップして、それの
上からバックアップしたいシステムのパーティションをコピーするという方法もある
そうです。（試したことはありませんが・・・）
上記したようなコピーツールはそんなに高価ではない（5000円もしません）ので、
そろえておくと便利ですよ。

ＣＥ９Ａさん、おりおんさん、ありがとうございます。やはり、セキュリティ強化などの関係からでしょうか、単純には丸ごとコピーはできないのですね。バックアップツールを購入したいと思います。ところで、ＰＣ−９８２１の場合は、バックアップツールが対応していない場合が多いですね。

シェアウェアでVFATBAKというのがあります。

私は、これを使ってバックアップし、Windows98の起動ディスクを
使って、別ディスクに再現させたことがあります。
VFATBAKについては、以下のサイトを見てください。

http://ftp.alphatec.or.jp/~katontek/index.html

私の場合はPC/AT互換機ですがFAT32のWindows2000Professionalにて、まりも氏作の『DRVCPY』でもドライブの丸ごとコピーできました。

PC98x1シリーズ上のWindows2000をコピーするというお話だったのでしょうか？
確かにバックアップツールでPC98x1シリーズに対応しているのは少なそうですね。
（というより私は知りません）
VFATBAKはDOS汎用で動作するそうですので、PC98x1シリーズでも大丈夫そうですね。
FAT16/FAT32パーティションにインストールされているのならWindows2000もバック
アップできそうです。
・・・でもGA-5AXってGigabyteのSocket7マザーボードだし・・・？？？

ＶＦＡＴＢＡＫは正式ユーザーとして愛用しています。ＮＴＦＳでは使えないようですが、ＦＡＴならＷＩＮ２０００でも使えるようです。ただ、新しいＨＤＤにＷＩＮ２０００のシステムを転送する方法がわかりません。

　とりあえず、ファイルをリストアして修復セットアップじゃダメ？

VFATBAKの作者のサイト（上に記しました）にWindows2000での
システムの再現方法が記されています。