＞ATAPIなDVD-ROMの場合は、ATAPIのCD-ROM用ドライバーでインストできるのでしょうか？
そのドライブのDOS用ドライバがあればOKですよ。＜DVD-ROMもCD-ROMとして使えます。
また、SCSIカードにASPIマネージャが無ければ・・・・無いんですか？CD等のドライバは無くてもASPIマネージャは付いている事は多いですが、、
ベクターに汎用のASPIマネージャとドライバが有ったと思いますのでそちらを使われてみてはどうでしょう？

もう少し詳しいシステム構成を教えていただけないでしょうか。それからクリーンインストールとのことですがＳＥはどのバージョンでしょうか。SCSIドライブからのインストールでも
ＳＥの起動ディスクがあればたいていは認識できるはずですがお持ちでないでしょうか。
それからそのドライブはアイオーデーターのものと思いますがサポートプログラムが出ているようですので一度見られてみてはいかがでしょうか。

＞SCSIカードにASPIマネージャ
WINDOWS用のは在るのですが、DOS用のはないです。（ASPI2DOS.SYSなどは在るのですが、ASPI.SYSはないです。）
＞サポートプログラム
ASPI.SYSマネージャーは付属していませんでした。アイオーのサポートでも、確認してもらいましたが、認識してくれません。（CD-ROMドライバーのみです。）
＞ＳＥはどのバージョン
SEにもいくつかのバージョンがあるのでしょうか？とりあえずウチのは、フルパッケージ版です。
＞ＳＥの起動ディスク
持っていますが、ASPI2DOS.SYSなどのドライバーは在るのですが、ASPI.SYSと言うのは入っていませんでした。
PC-98では、すんなり認識できたのに、ATは難しい。

ちなみに、CONFIGとAUTOEXEC の内容ですが、以下に示します。
↓CONFIGです
[menu]
menuitem=SETUP_CD, Start Windows 98 Setup from CD-ROM.
menuitem=CD, Start computer with CD-ROM support.
menuitem=NOCD, Start computer without CD-ROM support.
menudefault=SETUP_CD,30
menucolor=7,0

[SETUP_CD]
device=himem.sys /testmem:off
device=oakcdrom.sys /D:oemcd001
device=btdosm.sys
device=flashpt.sys
device=btcdrom.sys /D:oemcd001
device=aspi2dos.sys
device=aspi8dos.sys
device=aspi4dos.sys
device=aspi8u2.sys
device=aspicd.sys /D:oemcd001
device=sccd.sys /D:oemcd001 /ASPI

[CD]
device=himem.sys /testmem:off
device=oakcdrom.sys /D:oemcd001
device=btdosm.sys
device=flashpt.sys
device=btcdrom.sys /D:oemcd001
device=aspi2dos.sys
device=aspi8dos.sys
device=aspi4dos.sys
device=aspi8u2.sys
device=aspicd.sys /D:oemcd001
device=sccd.sys /D:oemcd001 /ASPI

[NOCD]
device=himem.sys /testmem:off

[COMMON]
DEVICEHigh=EMM386.EXE noems
DEVICEHigh=BILING.SYS
DEVICEHigh=JFONT.SYS /MSG=OFF
DEVICEHigh=JDISP.SYS /HS=LC
DEVICEHigh=JKEYB.SYS
files=60
buffers=20
dos=high,umb
stacks=9,256
lastdrive=z

↓AUTOEXECです
@ECHO OFF
set EXPAND=YES
SET DIRCMD=/O:N
cls
set temp=c:\nset tmp=c:\npath=a:\n
IF "%config%"=="NOCD" GOTO QUIT
LH MSCDEX.EXE /D:oemcd001 /L:D

echo.
IF "%config%"=="SETUP_CD" goto AUTOSETUP
GOTO QUIT

:AUTOSETUP
set CDROM=FOO23
FINDCD.EXE
if "%CDROM%"=="FOO23" goto NOCDROM
path=a:;%CDROM%\n%CDROM%
cd WIN98
echo.
OEMSETUP.EXE
goto QUIT

:NOCDROM
echo.
echo Windows 98 セットアップ ファイルが見つかりませんでした。
echo.

:QUIT

となっております。
如何やら、SCCD.SYSが認識できるASPIマネージャーは、上記CONFIG内には含まれていないようなのです。　(ToT)

私もCDV-PB40Tを持っております。ドライバディスクのReadme.txtを見ると、/ASPIオプションで、「強制的に」SCSIのASPIマネージャーを探しに行くようです。CONFIG.SYSを見ると、/ASPIオプションが付いているので、それを外してみてはいかがでしょうか。

そのASPI2DOS.SYSがＤＯＳ用のASPIマネージャですので、これを組み込めば行けると思います。
が、ATAPIのDVD-ROMをお持ちのようですので、そこからCD-ROMブートすればセットアップ用FDなしでインストールできるはずです。
SCSIのCD-ROMでもSCSIアダプタのBIOSが対応していればCD-ROMブート可能です。

※あ、リテール版のWin98SEってCD-ROMブート出来たかな？

>如何やら、SCCD.SYSが認識できるASPIマネージャーは、上記CONFIG内には含まれていないようなのです。
いろいろ試した所、如何やら、 SCCD.SYS側でなくSCSIカード（ロジテックLHA-600U）側が通常のaspiに対応していなかったようです。
PC-98V200に付いているSCSIカードをダメ元でつけたら、ソフト側はそのマンマの設定で行けてしまいました。
↑自己レスでした。
＞/ASPIオプションが
最初このオプション無しで、試したのですが、同様に認識しなかったので、付けてみましたが、変化無しでした。
＞CD-ROMブート可能
SCSIとマザーのBIOS両ともに、ブート可能な設定にはしてみたのですが、これもダメでした。

LHA-600U通常のaspiに反応しないのなら、ちゃんと専用のaspiドライバーつけてくれても良いと思うのだが・・・
とりあえず、WINDOWS98SEインストは出来たのだが、LHA-600U画、DOSで使えないと言う根本的な解決は、なされないままです。（WINDOWS用のドライバーしかないため。）
と言うわけで、いろいろ情報及び、ヒント下さいました皆様。ありがとうございました。m(__)m

最初に通常の ASPI って何を示しているのでしょうか?
#ASPI Manager だったら、「通常」と呼ばれるものはありませんし。

ASPI?DOS.SYS は Adaptec な SCSI コントローラ用の ASPI Manager で汎用などというものではありませんよ。

#というか、ASPI ってどういうものか調べれば解ると思いますが、ASPI Manager 上でハードウェアに依存している部分の差を埋めようとしているものなのですが……。

その LHA-600U に使われている SCSI コントローラの型番を調べて、そのコントローラを作っているメーカが ASPI Manager を提供していると思いますが、それは試されましたか?

>SCSIカード　ロジテック　LHA-600U
>LHA-600U通常のaspiに反応しないのなら、ちゃんと専用のaspiドライバーつけてくれても良いと思うのだが・・・
ここは、こんな会社です。あきらめましょう。汎用でDOSも使うなら、アイオーかメルコのSCSIにしましょう。何事もあきらめが肝心。

＞最初に通常の ASPI って何を示しているのでしょうか?
起動ディスク内のものを指していたのですが、aspiについて勉強不足でしたので、こう書いてしまったです。　m(__)m
各SCSIカードの専用ドライバーみたいなもの（これも適切な表現じゃないけど、f^_^　）と言う事なので通常って言うのは変でしたね。

＞ここは、こんな会社です。あきらめましょう。
(T_T)そうと知っていれば、買わなかったのに〜　安物買いの銭失いでした。
起動するためには、SCSIBIOS搭載の有無だけでなく、DOSドライバーの有無も確認しないといけないと言う事ですね。
でも、SCSIカードにBIOSが入ってるのなら、DOSドライバーも開発して＆付属してくれてもよさそうなのに、やっぱ、この考えは、大手有名メーカーにしか当てはまらないのかな。

＞SCSI コントローラの型番を調べて
その手がありましたか。で、コントローラのメーカー調べた結果、workbitと言うメーカのNinjaチップと言うことが判明。ですが、このサイトでも提供している各OS用ドライバーが、Linux、FreeBSD、Windows95/98、Windows2000、でWindows95/98をDLしたのですがaspiやDOS用のものは入っていませんでした。
付属txtには、aspiや、DOS、WINDOWS　等のドライバーが入っていると記載されてあるが、大幅に欠落しているぅ〜。（DLミスのファイル欠損ではないです。）　(T_T)

その後Ninjaチップを提供しているメーカー側に、サイト内で、DLできるドライバー付属のtxt内にDOSドライバーの付属の旨がされているが、入ってい無いので、チップの型番の掲示とDOS用のドライバーの入手法に付いて問い合わせた所、返信と同時に、このチップ用のDOS、WINDOWS9X、NT、用のドライバーを添付してありました。これらを、WINDOWS98SEのインストールディスクにいれ、CONFIGの設定等した所、全ての問題を解決する事が出来ました。
ヒントをくれた皆様方、及び素早い対応をしていただいた、メーカーのworkbit様に感謝です。