仮想CD-ROMユーティリティがインストールされていてそれをチェックしているため(コピー防止のため)に起動できないとか？
　とりあえずどうして不具合が出るかが分からないのでご使用の環境とか書いていただきませんと…。
　あとは最近オーディオCDで出まわったような新手のコピープロテクトとか。この場合は使用するCD-ROMドライブなどを選ぶので明らかにCD-ROMとしては規格外のフォーマットを使うことになります。その場合はパッケージなどにその旨を記載する義務はあると思います。(このばあいはドライブを壊す危険性すらあります。)

詳しい環境がわからないので何とも言えませんが…
・↑でおさださんが書いているように仮装CD/DVDユーティリティがプロテクトチェックに引っかかってる。
・起動時にCD-ROMを読んでいるドライブではプロテクトが読めない。
・OSがおかしくなってる。
思いつくところはこの位でしょうか。

私も同時発売されたロックマンX5 PC版で同様の症状が起きています。
おさださん、尭さん
>とりあえずどうして不具合が出るかが分からないので
>ご使用の環境とか書いていただきませんと…。
五右衛門さんは普通にインストールしていると思いますよ。
私も普通にインストールは出来たのですが、プレイしようとすると
五右衛門さんと同じエラーメッセージが表示されます。
ちなみに私の環境は
富士通製FMV-6233NAX
CPU:Mobile pentiumII 233MHz
Video:ATI RAGE LT Pro VRAM 4MB
CD-ROM:東芝製 XM-1702B

恐らく初めて使われたWindows インストーラに
原因がありそうですが・・・
カプコンのユーサポセンターに直にメールした方がいいですよ。

CD-ROMのドライブレターを「Q」から「E（HDDの次のドライブ名）」
に変えたところ無事に動作いたしました！五右衛門さんも試してみては？