使用機種のグラフィックアダプタが不明なので何とも言えませんが、大航海時代II、II外伝、IIIはPC-9821Xv13/W16にGA-S2K32/PCI(Savage2000)とK6IIIのCPUアクセラレータを入れたときは動作しませんでした。(OSはWin98アップグレード版。Win95の時も駄目だった。)「画面サイズが変更されました。元のサイズに戻すまで再開いたしません・」などという不可解なエラーが出ました。
　CPUがMMXODP200MHzでGAがWGP-FX16N(メルコバンシー)を入れたときは動作したのでDirectXのバージョン関連を含むグラフィックアダプタの問題かもしれません。CPUをK6-2以上にしたときは大航海時代IIIはやはり動作しませんんでした。(画面表示異常)
　ちなみにメーカの方でアップデートサービスを行っています。Web上でサポートを開設していたと思います。私はこれでアップデートディスクを入手しましたが、Savage2000を入れたときはどうしても前述の不可解なエラーは解決できませんでした。(GAの製造元であるI/O DATAに問い合わせても解決できませんでした。）
　……よく読むと窓枠の外をクリック(タスク切り替え)でフリーズとありますね。私はK6-2以上を入れたとき、大航海時代IIIで起こりました。(←ちゃんと読んどけ>自分)

どうも。レスありがとうございます。
今、ＡＴ機（ＤＥＬＬ　ＯｐｔｉＰｌｅｘ　ＧＸｐｒｏ）にＷｉｎ９８をクリーンインストールしてから、大航海時代・外伝をインストールしてみました。
この時点では、上記のフリーズ現象は起こりませんでした。
しかし、ＤｉｒｅｃｔＸのバージョンを６．１に上げるとフリーズが起こります。バージョンを７．０にしても同様です。やはり、ＤｉｒｅｃｔＸのバージョンでしょうか？
マシンの環境はそれぞれ、
Ｘａ７　ＣＰＵ：Ｋ６−２＋　５３３ＭＨｚ、ＧＡ：ＩＯ−ＤＡＴＡ　ＧＡ−ＤＲＴＶ４
ＤＥＬＬ　ＣＰＵ：Ｃｅｌｅｒｏｎ　５３３ＭＨｚ、ＧＡ：Ｍｅｌｃｏ　ＷＨＰ−ＰＳ８
です。とりあえず、サポートのページをみてみます。ありがとうございました。