98はSB経由で繋ぐコントローラーしか使ったことがない（うちの98はUSBないからね）ので、よく分りませんが参考までに、
AT互換機のWindows98以降なら一応Windowsにコントローラーのドライバーが入っているはずです（Windows95はわからないです）。それがそのまま使えればパットを指しこんだだけで勝手にドライバーがインストールされます（WindowsのCDを要求される場合あり）。
またバイオハザード３やディノクライシス付属のゲームパッドが専用のドライバーを使用しないと使えないタイプであれば、ソフトにドライバーが付いてるはずですのでそれをインストールすればいいだけだと思います。
98でも手順は上記の通りでいいはずです。ただ98搭載のUSBはAT機のUSBと完全な互換ではないので使えるかどうかは試してみないと分らないですね。