解決策になるかどうか分かりませんが、
私の環境（PC-9821Ra20/N30、WaveSMIT経由のSideWinderゲームパッド、
Win98）では問題なく動いております。
DirectXやドライバをインストールしなおしてみたりしてはいかがでしょう
か。（既にやっているようでしたらすみません。）
お使いのパッドがUSBの場合は、申し訳ありませんが分かりません。

木坂さんレスありがとうございます。私もWaveSMIT経由のSideWinderゲームパッドですが、
DirectXやドライバをインストールしなおしてみてもなりません。
WIN95だからかなぁ？
誰か助けてください！

難しい問題ですね。
（私はＶ２３３ゲームポートでサイドワインダーですが問題無し）
ＹＳ２設定ツールなどでエラーとかは出てないのですか？
またはＤＩＲＥＣＴＸ診断ツールではどうでしょうか？
さらに言うとＤＩＲＥＣＴＸのバージョンとかかもしれません。
（私は７．０です）ＹＳ１ができると言うことから
壊れているとか、接続不良とかではなさそうですし。

ファルコムのHPにあるサポートプログラム Ver.1.10 は当てられましたか？
http://www.falcom.com/ys2e/patch.html

＞ＹＳ２設定ツールなどでエラーとかは出てないのですか？
またはＤＩＲＥＣＴＸ診断ツールではどうでしょうか？
　不思議とエラーなどはかえってこないんです。
＞ファルコムのHPにあるサポートプログラム Ver.1.10 は当てられましたか？
　はい、取ってきて当てているのになぜなんだろう？
　ちなみにSideWinder ゲーム パッドを使用している皆さんのDRIVERのVerは何ですか？
　あとはそれぐらいしか考えつかないもので。

＞ちなみにSideWinder ゲーム パッドを使用している皆さんのDRIVERのVerは何ですか？
SideWinderの方はWin98に標準で入っていたものを使っています
ので、BUZZさんの参考にはなれません。
WaveSMITの方は、現在キュービジョンのホームページで入手可能
なVer1.06です。それから言い忘れておりましたが、私のマシンの
DirectXは7.0です。
ファルコムのホームページには「パッドの方向キーだけが効かなく
なる」という症状の報告はあがっていないようなので、ファルコム
に問い合わせてみるしかないのでしょうか？
一見まったく関係の無いデバイスのせいで不具合が起こることもあ
るので、グラフィックボード等の他のデバイスのドライバを更新し
てみたり、あとは、Ys2の方を再インストールしてみるとか。
実はゲームデバイスプロファイラを使って変なキー割り当てをして
いたとか。
今のところ私が思いつくのはそのくらいしかありません。お役に立
てず、すみません。

皆さんレスありがとうございます。いまだ原因不明ですがなんとか解明したいと思います。