その場合　fdisk/mbr　は1Gの方に働いていますので、
FDで起動して、もう一度 fdisk /mbr を実行してください。

2Gをマスターにつないだ状態でですか？

確か「ＤＩＳＫＩＮＩＴ」からやるんじゃなかったっけ？
うろ覚えですがこれで完全に初期化してからＦＤＩＳＫを行ったと記憶してます。
違ってたらすいません

98側で領域開放から、だったような?

コピーはエクスプローラ上で行ったのですか？
その場合は事前にシステムの転送も行っておかないと駄目だと思います。(アクティブ領域の問題もある)

と言う事で手順を書くと、
１．２ＧのＨＤＤをプライマリ／マスターに接続し、元のＨＤＤは外しておく。
２．起動ディスクで起動し、fdisk/mbr 及び fdiskによる領域確保（基本領域）を行う。
３．再起動後フォーマットしシステムの転送を行っておく。
４．元のＨＤＤをマスター、２ＧのＨＤＤをスレーブに設定して接続し、エクスプローラでコピー。
５．２ＧのＨＤＤをマスター、元のＨＤＤをスレーブに設定して接続し起動確認を行う。
普通は以上の様な手順ですね。

システム転送は、ファイルコピーしたあとからでもかまいません
98側での領域解放は、やっておいた方がよいのですが、このHDをAT/98共用にするのでなければ省略できます。
それからエクスプローラによるコピーの時は、「すべてのファイルを表示」にしておくのを忘れないように。
fdisk　/mbr　は重要です。

いろいろありがとうございます今日会社でいろいろやってみましたがやっぱりだめです
どなたか　98のHDをDOS/Vの起動用にされた方は　いますか？
いたらどのようにしたか教えてください　お願いします

え？普通はいーとんさんの方法でできますけど…というか、私その方法でやって起動
ディスクにできなかったことありません。皆さんと重複になりますけど、私がやって
いる方法を少々詳しく書きます。
１．FDISKの入った起動ディスクを作る
２．ターゲットHDDのみをプライマリ／マスターに繋ぐ
３．起動ディスク(FD)から起動し、「FDISK /MBR」
４．FDISKで基本領域を確保する
５．電源を落として元のHDDをプライマリ／マスタに、ターゲットHDDをプライマリ／
　　スレーブに繋ぐ
６．元のHDDから起動し、ターゲットHDDに通常のフォーマット、次に起動専用でもう
　　一度フォーマット
７．再起動後、「全てのファイルを表示」にし、win386.swpを除く全てのファイルを
　　元のHDDからターゲットHDDにコピー
８．電源を落とし、ターゲットHDDをプライマリ／マスタ、元のHDDをプライマリ／
　　スレーブに繋ぎ、起動ディスク(FD)から起動
９．FDISKでターゲットHDDの基本領域をアクティブにする
以上まわりくどくやってますが、これで再起動すればターゲットHDDから起動できます。
これって皆さんのおっしゃる方法と変わりませんよね…(?_?)?

とりあえずもう一回がんばってみます
また明日報告します

エー起動できました　マスターブートレコードのリフレッシュとゆうのをどこかで
みたなーと思って調べたらあったのでそれを試してみたら　OKでした
i96968さんのやり方の中で3と4の間に　A:>sys a: c: を加えるだけです
みなさん　いろいろとありがとうございました

A:>sys a: c: を加えるだけです

これはマスターブートレコードのリフレッシュでは無くてシステム転送です（汗
と言う事で正しい作業を行ったので起動できた訳です。