リムーバブルキットを買えばいいのでは。大抵ファンが付いてるし、５０００円あれば十分だと思う。

私はHDD用の薄型なヒートシンクを２枚くっつけております。これだけでもなかなか放熱できている
様に思います。ヒートシンク自体はそれほど高くないので２枚で1000円程あれば十分かもしれません。
又、最近の7200rpmクラスのHDDは結構発熱も減っている様に思いますのでそれ程神経質になる必要も
ないかもしれませんが、HDDのクラッシュとの相関率が一番高いのはHDDの発熱と言われているので
やはり放熱対策は万全にしたい所だと思います。
あまりに的はずれな場所出ない限りはファンをつける位置もそれ程気にしなくても良いと思います。

基盤上のチップを冷やすと良いという話を聞いたことがあります

レスありがとうございました。
とても参考になりました。