V166(PC-9800系)で利用していたHDDは、そのまま繋ぎ換えても、AT互換機から読み書きすることは出来ません。要フォーマットということで。
データを移行するのであれば、
・MOなどのリムーバブルディスク装置の導入
・LAN環境の構築
などがあります。
そのほかに、まりもさん製作のツールがありますが、使用上の制限などがあります。
まりもさんのツールでは、PC-98で利用していたHDDをスーパーフロッピーフォーマット化し、AT互換機からもアクセス可能にするというものです。
http://homepage1.nifty.com/marimono/ 上記サイトにある、『sfd98cnv.lzh』というファイルをダウンロードです。
具体的な制限などは、アーカイブ内のドキュメントを参照してください。
ジャンパ設定については分からりません。大抵のHDDですと、ラベルなどに設定が印刷されていたりするのですが、ありませんでしょうか?