少し解らないことがあるのでおたずねします。
・WIN98SEは起動ディスクのついた製品版をご使用でしょうか。
・自作機のCドライブはDBI-N8.4GT以外の大きなHDDをご使用されていますか。
・起動ディスクからfdiskでDOS基本領域を削除して、再起動してfdiskするとどうなりますか。

ADVANCED BIOSはPC-98でしか使えません
BIOSでHDDのパラメータをきめ打ちにすると使えるカモ

4.3GB以上のHDDが使用できないマシンで大容量HDDを使用するには大きく

１．　ディスクマネージャーなどのデバイスマネージャーを導入する
２．　UDMA66などのPCIカードを利用する
３．　システムBIOSのアップグレード

の３つが有ると思います。
現実的にはIBMのDiskGo!などのディスクマネージャーを使用するのが良いと思います。

＞ディスクマネージャー
　メーカーのＨＰから、フォーマッタをふくんだ起動ディスクを作ってくれるファイルをＤＬします。
それを使って起動すれば、あとは指示に従えば大丈夫です。英語ですが、簡単です。
　一つだけ注意として、その後(インストール後）のｆｄ起動はディスクマネージャーを起動した後にスペースを押す形になりますので、
BIOS設定の起動ドライブの項目は、Ｃドライブ（ｈｄ）のみにしておきます。
　そうしないと、ｆｄ起動した際に、ディスクマネージャーが立ち上がっていないので、ｈｄが認識されません。

早速の御返事、ありがとうございます。
最初の質問の時に説明不足で申し訳ありませんでした。

45 さん
・WIN98SEは起動ディスクのついた製品版をご使用でしょうか
箱入りの製品版です。起動ディスクはついてます。
・自作機のCドライブはDBI-N8.4GT以外の大きなHDDをご使用されていますか
Cドライブに問題のHDを使ってます。とりあえず、認識している4GBをCドライブにしてWIN98を入れてます。
・起動ディスクからfdiskでDOS基本領域を削除して、再起動してfdiskするとどうなりますか
これは、どうだったかわかりません。4GBしか無いのを見て、再起動してfdiskしたかもしれませんが、もう憶えてません。かなり重要なことでしょうか。

BlackBox さん　
・BIOSでHDDのパラメータをきめ打ちにすると使えるカモ
えっと、これはどのようにすればよろしいのでしょうか。

Ζ（ゼータ）さんとmmm さんの御返事にある、ディスクマネージャーというものは、どういうものかよくわかりません。
BlackBox さんの事も含めて、わからないことばかりですみません。

fdisk/mbr を実行しただけでは確保されている領域は変わりません。
全体をCドライブとして使用したいときは、
・いったんDOS領域を削除してから、再度基本DOS領域を確保する
・または、未確保領域を拡張DOS領域確保をして、windows上からドライブスペースで広げる。
C: D:の２つのパーティションで使用する場合は、fdiskで拡張DOS領域を確保して、windows上からフォーマットしてください。
WIN98SEであれば、この作業はできるはずですが、できない場合はΖ（ゼータ） さんやmmmさんの方法になります。
http://www.maxtor.com/technology/q&a/30004.html

＞再起動してfdiskしたかもしれませんが、もう憶えてません。かなり重要なことでしょうか。
fdiskで未定義領域を確保することが基本です。「したか、しなかったか」ということです。
メルコのサイトでC-9821Xa13/K12に、DBI-N8.4GTは対応がはっきりと書かれていますので
付属ドライバーやマニュアルで対応する事が可能であったはずですし、
自作機では、fdiskの領域確保作業を正しく行えば8.4GBを使用できます。

AWAED BIOSなら、BIOSを立ち上げてSTANDARD CMOS SETUPの中のHDDのMODEがAUTOになっていると思うので、SIZEが8710MBになるように設定してみてください

私にわかる範囲のことは全て試してみましたが、どれも同じでした。
これ以上のことは私には出来ないので、4GBとして使うことにしました。
半分だけ使うという変な使い方が悪かったのか、それとも最初から4GBしか無かったのでしょうか(いくらなんでも、これはないだろうとは思いますが)
アドバイスをいただいた皆様、ありがとうございました。