デバイスマネージャのシステムデバイスにあるアドバンストパワーマネージメントサポートを削除してから、ハードウェアの追加を使って自動検出させて入れ直してみるとか……

Win98SEならシャットダウンサプリメントを適用してみるとか……

ごみかもしれませんが・・・　ファイル名を指定して実行→ＭＳＣＯＮＦＩＧ→詳細設定→高速シャットダウンを使用不可にするにチェックは入ってますか？　これにチェックが入ってないとシャットダウンできないですよ＾＾

電源がちゃんと切れていた時と切れなくなった現在の状況で動作環境の違いとかは
ありませんか？
LANカードを増設したら上手く電源が切れなくなったという話も聞いた事があります
のでもう少し詳しく自作機の環境を説明した方がアドバイスしてもららいやすいと
思いますよ。

自分の場合ＳＢ ＬＩＶＥ！のSB16エミュレートのデバイスを無効にしたらシャットダウンできるようになりましたけど。

Win98SEか無印かによって対処も変わりませんかねぇ？

因みに、私はThinkPad600にWin98無印を入れてPCMCIA LANカードを増設したら
100%シャットダウンしなくなりました。
なおコレについてはWin98発売当初のWinPCに乗っています。
対処方法は無かったので（暫定的な方法はIBMに有りましたがそれでも駄目でした）
結局二年ほどWin98を使いませんでした（笑）

＞対処方法は無かったので
Win98(特にノート)でネットワークアダプタを追加すると発生しやすい問題でした。
私が知っている対処方法は、その現象が発生した後ネットワークのプロパティで「優先的にログオンするネットワーク」の種類を別の物に変え、再起動する事で回避できる事が多かったです。

皆さんありがとうございます。
いろいろためさせていただきました。ちなみに治らないです。
私のマシンはすごいペースで、いろんなパーツを交換していくのでいろんなことが関わってきているのだろうと思います。
ネットワークカードが 一番要チェックだということは、はじめて知りました。
１つわかったことは、どこか１ヵ所 設定がありそれのチェックで治るのではないということでした。今の構成は、
P2B-F PENTIUM3-500
MATOROX G400
KENTRONICS KE-PCI-R110
DIAMOND SUPRA MAX 56I
SOUNDBLASTAR 16 ISA P&P

とりあえず何が原因か解らないとどの設定をチェックすればよいかも判断できません
ので、面倒だとは思いますが、パーツを最小構成にしてどのパーツに問題があるか
特定してみては？

はい、がんばります。ありがとうございました。