ご希望の構成にするには、システムコマンダー辺りを使うしかないと思います。

もっともスタンダードなのは「Cに98SE、DにWin2k」ですね。
最初にWin98SEをインストールし、次にWin2kを入れれば良いかと。
Win98SEのGUI上からもWin2kをインストールできるはずです。

OS/2を買ってOS/2ブートマネージャーを（爆死
私はSystemCommanderがあまりにも我が儘だったので
OS/2ブートマネージャーに戻しました。
現在はThinkPad600に10GのHDDを入れ下記のような環境です。

基本領域０に OS/2 ブートマネージャー
基本領域１に WinNT4WS
基本領域２に Win98SP1
拡張領域３に OS/2 Warp4
拡張領域４に 仕事用データー
拡張領域５に バックアップ

という風に使っています。
Win98起動時にはNT領域にはアクセスできなくなり基本領域はどちらもＣになります。
SystemCommanderより安く買える場合も有るので良いかもしれません。
なお、同様の動作をするブートマネージャーはOS/2 Warp3とWarp3.1(Connecto)が有ります。
WarpServerは除外します。売ってないしブートマネージャーは見たことないし。

後は自分で使ったことは有りませんが、DriveImageなどを作成している
会社の製品であるパーティーションマジックでしょうか。
あれにはBOOT ITとか言うブートマネージャーが入るそうです。

問題はOS/2の場合は4G超の場合はFX00505などOSに合った
FIXPackからいくつかファイルを手動で導入し、
8G超のBusMasterドライバーをこれまた手動で導入する必要が有ります。
Warp4だと起動FDが3枚で、Warp3系は2枚なのでWarp3系を入手した方が楽です。

＞もっともスタンダードなのは「Cに98SE、DにWin2k」ですね。
こうすると、あとで、win98環境を捨てて、Win2000だけを残して使う
という使い方はできるんでしょうか？

Ｃドライブの内容を削除してデーターパーティーションなどにすればそのまま使えますよね。
Win98を削除してW2KをCにしたいというとちょっと難しいとは思いますが。

http://www2s.biglobe.ne.jp/~elm/fsw/mbm/mbm.html
フリーですが、市販のブートマネージャーより、よっぽど便利だと私はおもっています。BIOSで起動ドライブを変更することなく、２台目のHDからのブートも可能です。

一台のハードディスクではできないんでしょうね。＞豆さん
Win98を削除しようと思ったら、すべて、FORMATしてWin2kのインストールになるんでしょうね。
c:.d:とあって、Dからブートはできるんでしょうか？ふつうのAT互換機は。

私も先日９８ユーザーから初ＡＴ機Endeavorに変えたものです。
来て早々ＨＤフォーマットし、ＤドライブにＷｉｎ９８をインストールしその後
９８からＣドライブにＷｉｎ２０００を新規インストールしデュアルブートで使用
しております。
尚、ついてきたのは、リストアＣＤではなくＷｉｎ９８ＯＥＭですので質問の趣旨と
違っていたら申し訳ありません。

　一台で出来ますよ。ぶっちゃけた話、98マシンの起動メニューと同じことが互換機でも出来るようになるということです。このツールの便利なところはマルチブート機能はもちろん、拡張FDISKともいえる機能があることです。通常FDISKでは一台のHDに一つしか基本領域を作れませんが、このツールは複数つくれます。またファイルシステムもFAT12、16(X)、32(X)、NTFS、HPFS等が作れます。サポートOSもDOS、Win、Linux、BeOS、Solaris、FreeBSD 、B-right/V と幅広いです。
　私はプライマリマスターを3つに分けて、スレーブを一つの領域で使っており、普通アサインはC,D,EとFになるわけですが、私はちょっと違います。まず、紹介したツールで１台目（基本、基本、拡張）２台目（拡張）とパーティションを分けます。で、二つの基本領域に各OSをインストールしますが、FDISKなどであらかじめどちらかの基本領域をアクティブにしておきます。仮に1st基本領域をアクティブにすると、1st基本領域のアサインは当然Cですが、あら不思議！2nd基本領域のアサインがFになります。ツールをWin98の起動ディスクにコピーしておくと作業が続けて出来るので便利です。で、おもむろに最初に好きなOSのインストールです。（私は1st基本領域にWIN2K、2nd基本領域にWIN98を入れてます。）一つ目のOSのインストールが終わったら、再びFDISKでアクティブな領域を2nd基本領域に変更します。すると今度は、今までFだった領域がCに、Cだった領域はFになります。で、次のOSをインストール。これで、完全に分離したマルチブートが閑静です。
　この方法だと通常のCドライブにWIN98、DドライブにWIN2Kとしたときのように、CドライブにWin2kのブート関係のファイルが入らないので仮にWin98をフォーマットしてもWIN2Kの起動が可能です。DOS上でもWIN上でもブートドライブは当然Cドライブになり、もう一つのOSが入ったドライブは必ず一番後ろに来ます。しつこいようですが、各OSは完全に分離されますので、どちらかを消してももう一方に影響が及ぶことはありません。故にDigitaさんの要望にも答えられます。
　BIOS起動後に、ブートマネージャーが立ち上がりますので、お好きなOSを選択すればOKです。忘れてはいけないのが二つ目のOSを入れる前にアクティブ領域を変更することです。これをしないと、通常のマルチブートと変わらなくなります。
　大変な長文になってしまい申し訳ありませんでした。<(_ _)>

豆さん＞
そんなことができるとは、驚きました。そうすると、９８と同じ状態になりますね。
マシンが到着次第やってみるつもりです。