SCSIカードが自動ターミネーション機能を持っている事を前提に書きますとDVDのターミネータを有効にすれば良いです。

SCSI IDは0から連続する様に設定するのが望ましいと思います。

ターミネータと言うのは日本語で「終端抵抗」と言います。
目的は（この場合）ケーブルの終端を開放したままにしておくと
交流の電気的特性（だっけ？）により、信号の反射が起こってしまうのを
何らかの方法で減衰させることです。
減衰しないと反射した信号によってデータ化けが起こりやすくなります。

以上のことを踏まえておけばどこのターミネーションを設定するかがわかると思いますが・・・。
いーとんさんの仰る通りDVDのを有効で間違いないです。
内蔵だからといってこの前提は変わりません。

因みにSCSIカードはなにを使ってますか？
「最近」っていうのは以前は問題なかった、ということで良いのでしょうか？
でしたら何か新しく導入したハードなりソフトなりに心当たりは？

お返事ありがとうございます。

やはり、一番末端でOKだったんですね。

SCSIカードはadaptec-2940uです。
一応、今までとカードやドライブの構成はかわってないのですが、
マザーを変更しまして、それからうまくいかなくなりました。
（OSのインストはし直しました）
B'sを使っているのですが、300MBくらいならちゃんと焼けるのですが、
5-600MBくらいのデータを焼くと８割くらいすすんだところでSCSI転送エラーが・・・

近々、暇を見つけて、SCSIケーブルの差し直しや、もう一度OSの再インストールに
踏み切ってみようかと思っています。
あと、IDもDVDから順番に0.1.2.3としてやってみます。

2940UはBIOSのバージョンアップなどは出来ないのですかね。
マザーとの組み合わせで問題が出ると言ったことは無いでしょうか？

こんな例も）
私は本日SC-UPCIの(板のみ)中古を狩ってきましたが、SCSI BIOSが古くてAEC-7720UWを正常に扱えませんでした。(BIOS Ver1.22)
元々別に持っているSC-UPCIに接続していたので認識できないはずは有りません。
そこで、最新版ではありませんがBIOS Ver1.50にしましたら正常に認識出来る様になりました。

ＣＤ−Ｒによる書き込みでしたら、上記のＳＣＳＩケーブルの差し直し以外に以下のものをやると効果があります。
まず、一番効果があるものとしてＣＤＲ−ＡｌｌＷｒｉｔｅというソフトを使うということです。これはＷｉｎｄｏｗｓを最低限の環境で立ち上げてくれるのでバッファーアンダーランが著しく減少します。
そのほかにはドライブにでフラグをかけるとか、スキャンディスクをかける。ＩＤの優先順位を高くする。ＨＤＤの空き容量を増やす。最適速度で焼く。等々があります。

CD-RのSCSI-IDは、6にしましょう。
SCSIの優先順位は、7:最優先 ・・・・ 0:一番後まわし　です。