お使いのＷＩＮ９８はＳＥのほうでしょうか？だったら、ＳＥの不具合ですので、
今時のマザーボードでなくって、今時のＯＳのせいですので、マイクロソフトの
ホームページに行って不具合対応モジュールをダウンロードしてくださいね。
今時のこんなマザーボードＦＷ−Ｋ７ＶＭとＡｔｈｌｏｎ使いのちゅんでした。

私の環境ではSEを使ってますが正常に切れていますよ
別にパッチなどは必要ありません！
ただし、OSをインストールする時は下のことに注意してください
１　拡張ボード類はすべて付けておく
　　インストールが終わったらドライバのインストールですがサウンドボードの
　　ドライバだけは一番最後に入れてください
２　Biosの設定でPlug＆PlaｙO/SをYesにする
３　AGPに隣接するPCIバスはなるべく使わない
４　BiosのバージョンはＫ７１１１７が一番安定している（＾＾；のでこれに換える
恐らくこれらを守ればSEパッチを当てなくても大丈夫だと思いますが・・・

同じWindows98SEを使っていても環境によっては不具合が出ない場合もあるようです。
知人のマシンですがVoodoo3の時は何ともなかったのに、TNT2ではモジュール入れないと電源が落ちなかったそうです。

私はＫ７ＶＭを使っていますがTNT２でもGeForce256DDRでも上記の方法でインストールした場合そのようなことは１度もおきていません（＾＾）
１度だけLIVE!を導入したときにそのような現象が起こりましたボードを抜いて起動し終了したのちボードを付けて再度起動で直りました
ただし、その後OSを再インストールしてもそのような不具合は一切ありません
ま！たしかに環境が違えばなにが起こるかわからないのがＰＣですからね〜
パッチをあてるだけで直ればそれで越したことはないかな（＾＾；

なんか、いきなり論点がずれているようなので、また書きます。
みーやんさんが電源が切れないという現象がでているということなので、
９８ＳＥ不具合の可能性を指摘して、その場合の解決方法を書いたのですが。
自分の環境では起きないっていう事を強調してもしょうがないような。

ＳＥでなくただのＷＩＮ９８だったら、「ファイル名を指定して実行」から
「msconfig」と打ち込み「高速シャットダウンを使用不可にする」のチェック
ボックスにチェックを入れると直ることがあります。
ＮＴの場合には自動的に切れないのがデフォルトらしいです（使った事ない）
２０００は知りません(^_^;;

ちなみにうちではＳＥを導入当初は自動電源断していたんですが、ある日突然
だめになりました。ハードの変更はしていなかったので不思議でしたがＭＳの
サイトからモジュールをダウンロードして実行したら直った経験があります。