ＶＡ−５０３ＡはＡＴですから、ＣＯＭ２の外出しケーブルがちゃんと刺さっていますか？
ＢＩＯＳで切っていない限り特に設定は必要ないと思ったのですが・・・。
私のマザーはＶＡ−５０３＋なので参考になるかわかりませんが、ＢＩＯＳメニューのIntegrated Peripherals内のOnboardSerialPort2の設定はどうなってますか？そこがEnabled以外になっていてそこに書いてあるＩＲＱでＷｉｎｄｏｗｓ上で認識されていれば問題ないと思いますが・・・。コントロールパネルのシステム内のデバイスマネージャのタブでコンピュータをダブルクリックするとＩＲＱの一覧が表示されますのでそこで確認してみてください。
正常に認識されているのに使えないのだとしたらケーブルが刺さっていないことくらいしか私には思いつきません・・・。違っていたらすいません。

わたしもVA-503Aを使ってます。astixさんのおっしゃってる通り、BIOSのINTEGRATED PERIPHERALSの項目でOnboard Serial Port2がDisableになっていると思われます。一般的な2F8/IRQ3にしてみてください。その下にUart2Modeって出ますが気にしないでいいです。PrimaryってなんのことかとおもったらPower Managementの項目でしたのね。

回答ありがとうございます。
二人の言っている項目をチェックしたところ、ちゃんと設定してありました。
Enabledになっているし、2F8/IRQ3にもなっています。
WINDOWS98上でもポートは認識しています。
やはり壊れてしまっているんでしょうか。

設定が合っていると言うことは・・・・、なぜでしょうね（＾＾；
私にはこれ以上のことはわからないので申し訳ないのですが、とりあえずどこが悪いのかを調べてみてはいかがでしょう？ＣＯＭ１とＣＯＭ２の外部出力ケーブルを入れ替えてみるとか。
ケーブルを挿すところが違っていないか、逆向きに挿していないか等々。

再度確認を行ったところ、ケーブルが逆に刺さっていました(^_^;
些細なミスでした。
どうもありがとうございました。