ご存じと思いますが、Vistaではオーバーレイは推奨されず、様々な不具合が起こります。
基本的にはどのようなモードをお使いかで解答が全く変わってしまうのですが、もしクローンで使っているのなら、Aeroを切ったとしても、オーバーレイは一方の画面しか有効にならないはずです。従って、どちらか一方が正常に表示されないのは、私の知る限りではVistaの「仕様」です。（違ってるかもしれないので、ご確認願います）
この辺は、多分どこかにまとめたページがあると思いますので、お探しになってみてはいかがでしょうか。

基本的にVistaではオーバーレイ非サポートとなっています
このためオーバーレイを使っていたビデオキャプチャボードの多くが動作しません
再生ソフト等についてはDirectX経由のVMRを使ったものなら動作しますしそちらがVistaでは推奨されています