12V1と12V2が内部でどのような配線になっているかが問題ですね
たとえば12V1がCPU専用 12V2がその他なら、この構成の場合VGAが大きな電力を消費しますから、そこにHDDがたくさんつながれば12V2は足りなくなってしまいます
コンバインなら12V1の余った分が12V2に回される(というイメージ) ので、電力不足は起こらない、、ということですね
12V出力が分かれたのはCPUが12Vから必要な電流をつくるようになったので、専用の12Vにすることで安定させるためでした
ところが一部のCPUやVGAが多大な電力を消費するようになり、1系統をまるまる使っても足りないといったことが起こるようになってしまいました
そこでまとめて切り替え出力できるようにもなった、、という流れだったと思います
4ピン(正方形のですよね?)のが2つあるのは、2つ組み合わせて8ピンとして使うためです
このマザーは写真からすると
http://www.unitycorp.co.jp/images/im-products/im-lga775/im_p5wd2_pre/p5wd2_pre-2d.jpg写真右上の12V入力が8ピンになっていますので、2つを組み合わせて8ピンで入れてください
http://www.taoenter.co.jp/product_image/power_supply/12v8-4pin.jpgこの写真のように、組み合わせてひとつのコネクタにします
あと電源が24ピンですので、24ピンコネクタ近くの長方形4ピンコネクタはつながなくてもいけるはずです
コンバイン・スプリットの切り替えは、コンバインで問題ないならそのまま運用したらいいと思います そういうときのためについているスイッチですから