「買ったとこに聞けよ！！」とつっこみたくなりますが…

どこのショップのどんなPCを買って、どんなOSを入れようとしてるのかが
分からない状態ではまともな回答は期待できないでしょう。

そもそも、「その話を聞く前に、再インストールをしてしまい」とありますが
再インストールしたのならなんの問題もないのでは？

説明不足ですいませんでした。パソコンは　パソコン工房で買いました。購入をしてから二年くらいたちます。
スペックは
マザーボード　915Ｐ　NEO2
HDD 300Ｇ(250Ｇ付け足し)　←両方シリアルATAで接続
CPU　PEN4　３．０Ｇ
メモリー　１．５Ｇ(１Ｇ付け足し)
グラフィック　NVIDIA GeForece5750
です。
デバイスマネージャーでハードディスクをみると、ウルトラATAでの接続になっています。シリアルATAで認識をされていないと思い、対処方法があるなら教えてほしいと考え掲示板に記入をさせていただきました。　hogeさんの言っていることはもっともだと思いますが、購入した店がつぶれまして困って、ここを頼ってきました。初心者でまだいろいろわからないことが多く　皆様にご迷惑をかけているとは思いますが、なにとぞ対処方法がありましたら、教えていただきたく思います。よろしくお願いします。

シリアルATAとパラレルATAはそもそもコネクタが違うので、誤認識もなにもないのですが・・・

「友人の話によると、シリアルATAはBIOSとOSに設定が必要だと教えてくれました。」
これは、OSインストール時の問題で、この辺をクリアしないとインストール出来ない
場合があるということで、問題なくインストール出来たのなら、気にする必要は無いです。

現在使えているということは、シリアルATAのHDDとして認識されていることに他ならず
心配する必要は無いのです。

hogeさん　親切に教えてもらいましてありがとうございました。

Standard IDEモードではなくAHCIモードでインストールしたいと言うことなのではないのでしょうか。
ICH、HDDの対応、OSのインストの途中F6でのドライバの組み込み等ありますが、
私は対応マザー等使っていないのでAHCIモードでインストしたい場合、詳しい方の書き込み待ってください。

BIOSの設定も忘れていまして、そしてＯＳの設定もわすれてしました。

普通に２台とも使えてるのなら問題無いのでは？
ドライバを入れた後でも、デバイスマネージャーでIDEとの表示なら、PATAのエミュ
レーションモードで認識されてるだけで大して不都合な無いと思いますが？
RAIDで使わなければそのままでも良いと思いますよ。

亀レスになりますが…

NCQを効かせたいのならAHCIモードにしないといけない
訳ですが、この辺りのことは今月のDOS/V SPECIALに
記事が載ってた気がするのでそちらが参考になるかと。

むろんHDDがNCQをサポートしている必要がありますし
サウスブリッジがICH6R以上である必要があります。

劇的な効果が得られるかと言われるとはなはだ疑問なので
気にせずそのまま使うというのがお勧めではあります。

親切なご意見をありがとうございました。気にしないで使いたいと思います。