先ずは、Windows2000をインストールしたいのだと思いますので、Windows2000をいきなりインストールしてみましょう。アップグレード版だと思われますので、インストールの途中でアップグレード対象OSのCD-ROMを要求されたらリカバリCD-ROMを入れてみましょう。うまくいけばこのままWindows2000をインストールすることができます。
　次に、マニュアルをよく読んでリカバリ時にパーティションサイズを変更する方法がないか確認しましょう。また、SONYのページで情報がないか確認してみましょう。

　個人的には、Cドライブが4GBでも問題ないと思いますが。何が何でも全てのアプリケーションをCドライブにインストールしなければならない訳ではありませんし、仮想メモリやテンポラリーフォルダもDドライブに設定できますし、マイドキュメントやメールのデータなど個人データもDドライブに保存できるように設定できます。

デスクトップ機と2.5inch → 3.5inch変換アダプタと4GB以上の容量の3.5inch HDDがあれば可能だと思われます。（リカバリディスクはWIN98と仮定して）

手順は
１、普通にノート機でリカバリする。
２、2.5inch HDDに2.5inch → 3.5inch変換アダプタを付け、デスクトップ機にセットする。この場合、Ｃドライブになるようにする。また、用意した3,5inch HDDをＤドライブとして接続する。（Ｄドライブじゃなくてもいいけど。）
３、セーフモードで起動する。（セーフモードで起動しないとマザー等のドライバーを当ててしまう場合があり、後で面倒なことになる可能性あり。）
４、DOSプロンプトを立ち上げてXCOPYにてファイルを転送する。
（XCOPY コピー元ドライブ コピー先ドライブ /C /E /F /H /I /K /R /S /Y）
５、転送が済んだら、2,5inch HDDをFDISKにて好きなようにパーティションを分ける。
６、今度は3,5inch HDDをＣドライブにし、2,5inch HDDをＤドライブ以下としてデスクトップ機に接続し、３、４で行った事をする。
７、2,5inch HDDをノート機に戻し、WIN2Kにアップグレードする。

でも、やっぱりツール使うほうが早いなぁ・・・

Tatsuya Yamamoto さん、さぶ さん　ありがとうございます。
やっぱり、ツールを使う方が早いですかね。
（リカバリディスクを使わないと、インストールされないプログラムができてしまうので、リカバリディスクを用いることを前提としているので。）

　パーティションサイズ変更ツールは、使用する機会がほとんどないので、余りお勧めではないので、前回書いたように、ドライブ毎の使用方法を工夫されることをお勧めします。
　どうしてもCドライブを大きくしたいというなら、うまくゆく保証はありませんが、ツールを買う前に、完全にCドライブの領域指定が任意に行えるわけではありませんが、下記の方法を試してみてはいかがでしょうか。
　先ず、Windows98をリカバリし、アプリケーションの追加と削除でWindows98用の起動用FDディスクを作成し、Windows2000のCD-ROMからWindows2000用の起動用FDディスクを作成します。
　次に、FdiskでDドライブの領域を開放し、D、Eドライブを作成します。Eドライブの容量はCドライブの全ファイル（Win386.swpを除く）をコピーできる容量とし、Dドライブは残りの容量とします。
　次に、EドライブにCドライブの全ファイル（Win386.swpを除く）をコピーします。
　次に、Windows98用の起動用FDディスクで起動し、FdisikでC、Dドライブの領域を開放した後、あなたが設定したい容量でCドライブを作り直します。
　次に、EドライブからCドライブに全ファイルをコピーしてから、Eドライブを削除しておきます。
　最後に、Windows2000へアップグレードを行います。CドライブからWindows98が起動しない場合は、作成しておいたWindows2000用の起動用FDディスクで起動すればいいはずです。