>OSはWin98SE+Win200SP2
どちらのOS上での話なのか、がもっとも肝心なことではないかと思うのですが。
また、アクセスランプと一口に言いますがSCSIホストアダプタやSCSI-HDDにも
付けられるものなので、それを考慮に入れると話が長くなります。
とりあえずマザーボードからでているIDEのアクセスランプだと仮定して書きます。
DVD-ROMがATAPI接続のようなので、そちらへのアクセスでもHDDアクセス時と同様の
LED点灯になりますが、その点は大丈夫ですか。
また、CD/DVD挿入時の自動起動を無効にした場合、
Windows9x系では定期的な光学ドライブアクセスそのものが無くなりますが、
Windows2000/XPではアクセス動作は行われ、起動はしないという挙動になります。
>けどかなり考えてから再起動に入ります
Windows2000で既存のパッチを全適用した環境ではまま見られる症状です。
http://homepage2.nifty.com/winfaq/w2k/boot.html#1445シャットダウン時に「レジストリファイルをアンロードできません」というイベントが
記録されている場合は、これが疑われます。