msinfo32を実行
ソフトウェアの環境→スタートアッププログラム　を辿って
該当する実行ファイル等々に目星を付けてregeditを起動
大概スタートアップは
[HKEY_LOCAL_MACHINE]-{SOFTWARE}-[Microsoft]-[Windows]-[Current Version]-[Run]
辺りに潜んでいるので、該当する物が無いか見て削除してみる

msinfo32で該当する物が無くてもレジストリの上記箇所にいる場合もあるかもしれないので
一応見てみると幸せになれるかも知れない

この説明で理解できないorレジストリを弄るのは怖い
と言うのであれば、winfaq等で詳細な手順、説明等を調べてみたり
ツールの類を使用した方がいいかも

ちなみに、当方はAOpenのi815なM/Bを使用していたコトはあるけども
P650(Millenium全般)は使用していないのでそういう類の経験はありません

MatroxはPDuninとかいうアンインストーラを用意してくれているので、
それを使って一度きれいにしてからP650のボードとドライバ/ユーティリティーを導入すれば。
デバイスドライバは、対象ハードウェアが検出されなければロードされなくなりますが、
そのドライバがあることを前提に動作するユーティリティーが自動起動される設定は
意図的に操作を行わない限り解除されませんから、いきなりカードだけ替えれば
その種の現象が起きるのは当然とも言えます。

.Net Frameworkのバージョンは幾つでしょう？

レスありがとうございます。
>>破壊神KAZさん
　msinfo32ですね。msconfigが無くて、どれが相当するのかと思っていたのですが・・
>>ほへさん
　G400のドライバのアンインストールは事前に行いましたが、それだけでは駄目だと
　言うことですね？キーワードを頼りにもう一度挑戦してみます。　　
>>まくつさん
　.net Frameworkは1.1SP1です。どうも1.1の動作は不安定と言うことで
　1.0のパッチを当てたのですが改善されませんでした。

自己レスです。
msinfo32を実施し、破壊神KAZさんの言われる箇所をたどったら、
「Matrox Power Desk 8」というプログラムが/silentというオプションで
定義されていました。
これを消したところ見事に起動しなくなりました。
おそらくPowerDeskを利用する時に不便になるかと思いますが、
解像度を頻繁に変える訳ではないので問題ないかと思います。
アドバイスありがとうございました。

あ、解決(回避)済みとなってましたか。

.Net Framework のバージョン1.1と
Parheliaドライバ(一部のバージョン)は相性が悪い模様です。
# 我が家は 1.03(.Net)と 1.41(Parhelia)の組み合わせで利用中