私はIwill MPX2でMP2000を使用しています。
私の場合もCPU1#と2#とで少し差があります。
逆に1#の方が少し回転数が高いです。
私はCPUの個体差だと思って気にしていませんが、
CPU温度に著しい差がある場合は、CPU Coolerの取り付けに
問題がある場合があります。
ところでその回転数だと静音ではないですよね？
ちなみにCPU Coolerは何をお使いですか？

一般的なCPUFANは、回転数を制御しているサーボモーターではなく、単なる直流モーターですので印加電圧によって回転数が変化します。
FANスペックで12V/5000rpmと書かれていても実際の使用では、電圧や負荷、個体差によって回転数が決まってきますので、同一製品でも回転数に極端な差が無ければ問題ありません。
また、マザーボードモニタ等で表示するCPUFANの回転数は監視目的（動いているか否か）で、マザーボードで回転数そのものの制御はしていないと思いました、制御してもCPU温度（負荷）によってFANの電圧を変えるくらいです。

回答ありがとうございます。FANはリテール品を使用しています。回転数が多いのでFANの寿命等が心配になりお聞きした次第です。