久しぶりに質問させていただきます。よろしくお願いします

友人の自作パソコンの突然動かなくなったとのことで調べているのですが、
ＰＣが動作しなくなったのはＨＤＤがやられていた事が原因だったのですが
（他のマシンでも認識しなくなっていました）ＣＤドライブの周りの動作が異常なのです。

どのようにおかしいかというと、ＤＯＳ（起動ディスク）で認識して読み出しできる
ＣＤ−ＲＯＭドライブがwindowsになると全く認識されていないのです。
別のマザーボードで試したところＣＤドライブは正常に動作しＯＳのインストールは完了出来たので
マザーボードに何かあるものと見当しているのですが、そんなことってあるんでしょうか？
もしあるのなら、どこが原因でそのようなことが起こるのか、詳しい方教えていただけると幸いです。よろしくお願いします。

ＯＳはwindows98とwindows98起動ディスク
マザーボードはABIT ＶＡ６、交換用に使ったのはＰ２Ｂです。
ＣＤドライブはＩＤＥ４倍です
全体的に結構古いハードです。