BIOSのアップデートとCMOSクリアーは別と考えてください。
CMOSクリアーは現行でのBIOS設定状態を購入時の状態に戻します。
BIOSアップは違うバージョンにBIOS 書き換え
BIOSをアップデートしたあと再起動させれば書き換え後のBIOSになってます。
最近はBIOSでもメーカーによってはアップデートしたあとでも
時間設定とかCPU、メモリ設定は以前のままで追加補正変更されるのもあります。
この場合はCMOSクリアーすれば　時間設定等々すべて初期化されます。
いずれにせよご自分が所持しているマザーのBIOSをしっかりと把握してください。
CMOSクリアーならいいですが、BIOS変更にて一歩間違えばサヨナラが待ってます。

ファイナル さん　ありがとうございます。
その後ネットでいろいろ調べたら、つぎのような解説がありました。
【BIOSはフラッシュROMという特別なメモリチップにインストールされます。そして、その設定は「ＣＭＯＳ」というメモリに保存されています。】

まー、何となくわかったような、わからないような感じですが、BIOSそのものと、その設定情報が別々のメモリーに保存されるというように理解しました