結論から言うと、ファン自体を交換するしかないでしょう。
（分解して調整という手段もありますが、一般的ではないでしょうし）

特に安物（語弊があるかもしれませんが）のファンに多く見受けられる症状ですね。恐らく回転軸がずれてしまって、物理的にファン内部のパーツがぶつかっているためと思われます。
時間がたつと音が消えるのは、回転軸が正規の位置に戻るからではないでしょうか。
＃この辺の力学的な見地はあくまで推測ですので、専門家の方のご意見を伺って下さい

SANYOですとかDELTA等の、いわゆる有名メーカーさんの製品だと起きたことがないですね。
ただしこれらのメーカーの物も絶対起きないとは言い切れないでしょう。ファン自体工業製品ですから、品質に若干のばらつきもあるでしょうからね。
個人的な経験則から言うと、ノーブランド物のような安物ファンに多く見受けられる症状だと思いますので、ファンはあくまでも消耗品と割り切って交換してしまうのがいいでしょうね。
あとはこまめにホコリを掃除するとか、回転軸に注油してみるとかですか。
＃冬場に多いのは温度変化が激しいからではないですかね・・・

素人考えですが、高級品に交換するしか手は無いようです。
軸受けがオイルレスメタルでない製品で、温まるまで油が固まっている
または干からびているのが原因ではないかと推測します。
分解掃除して注油してもこのような製品では一時しのぎに過ぎません。
なぜなら油を保持して置く機構がないからです。

バイザーさん、じいさん、早速のレスありがとうございます。

そうですかぁ、交換しかないですか。
時間が経つと静音になるのは、そういう原因があったのですね。ありがとうございます。
オイルの注入も考えたのですが、分解が難儀そうでしたのでまだ実行していません。

しかし、7VAXPなんかは買ってからまだ二ヶ月も経っていないと言うのに・・・。
チップセットの冷却ファンにドデカく目立つ「８ｘ」が高価そうに見えて、このマザーを買うときは胸はずんだものですが・・。

某サイトの○ソ○ン大魔人さんという人のコメントでは、このマザーほどゲテモノだという事でしたが、アスロンXPで安定動作しているので、一応は満足してただけにチト、ショックです。

これは、保証対象にはならないのでしょうかね？クレームを出したい気分です、ホント。

正規代理店経由の商品ならば、保証書くっつけて直接代理店に送ると送り返してくれますよ(無償修理扱いで)。並行輸入品(今は少なくなったなぁ)ならまず無理でしょうけど・・・。

＞某サイトの○ソ○ン大魔人さんという人のコメント
http://www.cham-reo.com/logsearch/archive/stage_3/at/sled33752.html

ネタ・お笑い系なのか（ぉ

>某サイトのパ○コ○大魔人

それはちょっと...（苦笑）
→ http://dnakama.nothing.sh/bbs/log/200207/578.html

たしかに大魔人さんは、かなりハチャメチャなおっさんのようです。（笑）
PC-98とDOS/V機の違いがわかっていないようですし。
PC-98は、FDから起動したらDOS/Vになるんですって。（爆）
また、自分で独自のOSを作っているらしいです。（ぜひ、使ってみたい・・）
正直、信頼はしていません。

＞冬場になるとこの症状がでます

生産している国との気候の違いで、急激な温度変化に耐えられないのかも・・・
以前私が使っていたＡＢＩＴのＫＴ７ＡのチップセットＦＡＮは買ったときから轟音だった
ので、即刻取り外して使わなくなったＣＰＵクーラーのヒートシンクを取り付けました。

製品の良し悪しはそのメーカーよりも、設計した人たちの　”冴え”で決まるのでは
ないかと個人的には思います。どんなメーカーでも駄作、傑作はありますから。

>チップセットの冷却ファンでした。（GIGABYTEのGA-7VAXPです）
私もコイツに悩まされました。
当方GIGA-BYTEのGA-7DXR、GA-8IEXP両方とも鳴りました。
我が家では、早朝コールドスタート時室温５℃以下がほとんどですので、必ず異音が鳴ります。
GIGA-BYTEのチップファンが安物を使いすぎている気がします。

　バーデックスのサポートにメールで聞いたところ、保障期間内であれば修理扱いで
無償らしいです（ただし交換品は対策品でもなんでもないそうなので）。
　一応パーツのみ送ってもらえる「らしい」ですが、また異音がしても面倒なので
ainexの1300円ぐらいで売っているファンに交換してしまいました。

　おかげでこのタイプのFANがついているギガのGAなどは躊躇してしまう
結果となっています。

　ただ最近、メモリダンプ後リブートと言う症状が出てきてちょっと困ってますが
まさかこれのせいではないよなぁ・・・と悩んでいます。
思い当たるのはチップセットFAN交換、LF-201からLF321への交換（サポートツールは
そのまま）、ビーズレコーダーゴールド5　インストール　

>私もコイツに悩まされました。
当方とまったく同症状ですね。変な意味で安心しました。
冷却機能自体には問題ないのですが、これでファンを交換する決心がつきました。
いくら起動時のみと言えど、朝一番に電源を入れるのが億劫になり、ショボいけれどもずっと静音な二号機を立ち上げてしまいます。
アスロンが泣いています。

>保証書くっつけて直接代理店に送ると送り返してくれますよ
やはり保証の対象なんですね。でもバラすのも面倒だし、販売店の対応の早さも問題になるでしょうし・・・。
これも億劫な話ですね。

>一応パーツのみ送ってもらえる「らしい」ですが
そうですか、該当パーツのみでもいいんですね。でも対策品でないなら無意味ですしね。
メーカーの姿勢がよくわかります。もし対策品があるなら最初から使いますよね。

はやり良いものを探しながら交換しつづけるしかなさそうですね。皆さんありがとうございました。

今日、洗濯機の脱水機が回っているのを見て気づいたのですが・・・。
最初はドンドンガタガタと内壁にブチ当たりながら回転し、そのうち安定して回る・・。
これと同じ理屈ですかね？（なんちゅう古い洗濯機じゃ・・）

一応補足しとくと車ギア用の６００円くらいのモリブデン添加剤を
そうなったファンに注油してますが結構なおります・・・