以前、自分も同様な事例にはまった事がありますので、書かせていただきます。
M/B : ABIT VA6
HDD : IBM DTLA-305040
この構成なんですが、このマザー(ATA66まで対応)に、
上記のATA100のHDDを追加しようとしたところ、
BIOSでは認識するものの、WIN98で認識してくれず…
結局どうしたかと言うと、IBMのHDDはATA100をATA66、ATA33にするツールがあって
それを使いATA66モードにしたところ、あっさり問題解決しました。
「IBM Feature Tool」というのがそれです。試してみてください。
↓日本語ではなく英語版なんですが…
http://www.storage.ibm.com/hdd/support/download.htm#FeatureTool違ってたらすみません。