BIOS側の設定は確認されましたか？

BIOSの設定はPIO、UDMAともにAUTOになっています。ちなみに4in１ドライバも最新のものにしてみましたが変化なしでした。

マザーがUDMA66(4)まで、HDDがUDMA100(5)までの対応なので、
HDD側をユーティリティーでUDMA66(4)に制限してはどうでしょう。
マザーの方が上限モードが低い場合、上手くネゴシエーションできずに固まったり
結果的にPIOモードにされたりすることは珍しくないです。

ちなみに、HDD用のモード切替ユーティリティーは、多くの場合
UDMAモードの上限設定をするもので、PIOかDMAかの切替はできません。

ほへさんに言われた通りにUDMAUPDT.EXEと言うユーティリティでUDMA66にセットしてみましたが結果は変わらずでした。また、レジストリからモード変更してみましたがデバイスマネージャの表示がUDMAになっただけで実際にはPIOモードで動いていました。物理的にHDDが壊れてしまったのでしょうか？

基本的なことでお恥ずかしいのですが、とりあえず解決いたしましたので報告いたします。PIOモードで動いていたHDDをセカンダリに新しいケーブルで繋いだところ正常にUDMAで認識されました。これは、単純なケーブル異常だったんだと思い、新品ケーブルでプライマリに繋ぎなおしましたが依然PIOのままでした。仕方なくプライマリとセカンダリを丸々繋ぎかえるとセカンダリに繋いだHDDは2台ともUDMAと認識されました。ちなみにプライマリ側に繋いだDVDとCDRWはそれぞれUDMA、DMAと認識されています。これはセカンダリ側に繋いであったときも同じように認識されていたので問題ないようです。

なぜHDDは正常に認識されないでDVD、CDRWは正常に認識されているのかはわからないところですがとりあえずこれ以上何を調べれば良いのかわからないので良しとしました。

助言してくださった皆様ありがとうございました。

こんばんは、私はＷＩＮ　ＸＰ　ＰＲＯ　で、同じ経験を致しました。
私の場合は、セカンダリーマスターにつないだＣＤ−ＲＷのみＰＩＯとなってしまい、他につなぐとしっかり、ＤＭＡモードで動いていました。
あれこれやってみたのですが、結局ＸＰ　ＰＲＯをインストしたばかりだったので、もう一度、フォーマットからインストし直した結果、全て、ＤＭＡモードでの認識になりました、
４イン１を試したり、マイクロソフトのを試したりしてみたのですが、全く解決できなかったので、たぶん、そこのドライバーに関係した、他のソフトが欠落したか何かだと思います。