最初から付いているシールは、取り付け方の巧拙に影響されにくく、そこそこに安定した熱伝導性能を示してくれます。
ですが一般的に、剥がしてからシリコングリスを自分で塗った方が良い結果が得られるようです。

そしてこのシール、一度取り付けてから外してしまうと、もうまともな性能を発揮してくれません。
必ず剥がしてから、シリコングリスを塗るべきだと思います。

リテール品のCPUクーラーの話ですかね？
だとすると恐らく熱伝導シールが貼ってあるのだと思います。
「熱伝導シール」等をキーワードにしてここの過去ログ検索や、Google等のネット検索をして情報を集めてみて下さい。そのシールの正体及び効能及び欠点等見つけられるはずです。
その情報を元にご自分でご判断してみては如何でしょうか。

ちなみに私は熱伝導シールの類は（CPUには）一切使いません。信用できませんので（ぉ

標準で付いてくるあれ、単品で売られている「熱伝導シール」とは若干違います。
ロウやワックスに近い感じです。
CPUに通電して温度が上がると、垂れ落ちてしまわない程度まで軟らかくなります。

剥がすと言ってもシールのような一体性はないため、素直には剥がれてくれないので、
彫刻刀やカッターなどの刃をヒートシンクを削ってしまわないように慎重に当てて
こそげ落とす感じにするといいと思います。
落としきったらヒートシンク側を紙や布でよく磨き、綺麗にしてからグリスを塗りましょう。

あの手の、大きく分けて２種類あるんですよね。

・熱伝導シート
　まぁちょっと柔らかいゴム（っぽいもの）だったりいろいろですが、個人的には
　あんま信用してません。
　（下手するとホントにただのゴムでガラス繊維を挟んだだけだったり・・・）
　CPUとヒートシンクの密着度を上げ、熱伝導を良くする為の物です。

・グリスっぽいシート（なんてんだろう？アレ）
　グリスっぽいものがシート上になって張り付けてあるもの。
　石鹸の薄いのと思えば良し。
　PCを動かしてCPUの温度が上がると軟らかくなる為、ヒートシンクとCPUを留め金で
　しっかり固定しているとその圧力で押し出され、結果、ヒートシンクとCPUの
　隙間を最小限のグリスで埋める、というもの。
　どうせグリス塗るならこっちの方が個人的には信用しています。

まぁヒートシンクより軟らかい素材でただの紙の様なのも見た事ありますが。

これらの目的というのはヒートシンクとCPUという硬いもの同士を合わせたとき、
面荒さなどで出来る隙間を埋め、少しでも熱を伝導させる事です。
（だからただ熱伝導の”比較的よい”ゴムを張るだけでも隙間が空くよりはマシ）
もっとも、ちゃんとまっすぐになってることを確認して留め金でしっかり固定すれば
要らないときは要らないんですけどね。
リテールものならそのままで動作することを保証されてるはずですから特にあーだ
こーだしない方が良いかも知れません。とりあえず、そのまま使って様子を見る
のが良いでしょう。

#シールというのが「粘着シールの保護シール」の事であれば剥がすのが当然ですが。

メーカーがこれで大丈夫だとセットで販売しているクーラーをわざわざ加工して使うのはなんだかなー、という気がするので私はそのまま使ってます

オーバークロックして遊ぶとかなら話は別ですが

定格で使う分には全く問題ないと思います。
オーバークロック、または静音化(ファンの回転数を下げるなど)の場合は、
クーラーごと別のものに変えてしまった方がよいです。

皆さんご色々な意見ありがとうございます。熱伝導シールを剥がし、グリースを塗布しＣＰＵを交換しました。ＣＰＵ温度４９〜５０℃、ＳＹＳＴＥＭ温度４２〜４４℃で快調に動作しております。