なぜそこでHDDの機種名も、接続形態も一切書かないのですか。
それで原因を察しろという方が無理です。

まったくその通りだ！と思います。
いつもこんな感じで肝心なところが抜けていて上司に怒られる毎日です。
基、HDDの接続環境はマザーボード純正接続のIDEプライマリに2台接続。
他にHDDの接続はありません。
HDDはCドライブがIBMの8.4GB、Dドライブは最初（4年位前）がSAMSUNG製2.1GB、
2代目がSeagate20GB、3代目がSeagate40GB、4代目がIBMの60GB。
壊れる周期は3ヶ月から1年強といったところです。
ただし壊れるのはDドライブだけでOSの入っているCドライブはいつまでも元気です。

知り合いの環境は
OS：Win98SE
マザー：AX3SP Pro-U（だったかな？）bios ver1.0
CPU：cappermine-128k C-Step 100*8.5倍
RAM：ノーブランドSDR SD-RAM133 CL=3 No-ECC 512MB（128*2+256)
VGA：AOpen製GeForce2MX200 32MB
HDDの接続はマザーのIDE
CがIBM30GB(やはりこれも壊れません）
Dが1〜2代目までSeagate80GB、3代目が同メーカー60GBです。

こんな感じです。

壊れた、と仰いますが、それらのスレーブ側に使用したHDDで発生した異常は
どのようなきっかけで発見されて、そのあとどう処置しましたか？
(例：ファイルが開けなくなってフリーズした、
　ある朝起動したらDOSのスキャンディスクが起動した、等）
ファイルシステムの異常なのか、物理破損なのかの切り分けすらはっきりしないので。

どのようにお使いでしょうか。常時電源入れっぱなし？　それとも　使うときだけ
パソコンの電源を入れる。

前者の場合　HDのヘッドがとまった状態が長く続くと　普通に使うより
壊れやすくなると聞いたことがあります。

自分の場合は3回目以外は「いつものように起動したらいきなり警告されてDOSスキャンが始まった」です。
で、スキャンすると不良セクタができていて、
別にそれでも使えるのでしばらく使っているとまた同じ状況になって、
不良セクタがどんどん増えていきいつの日か使えなくなるといった感じです。
3回目は強制再起動したら「カッコン」っていう音がずーっと続くようになり、
認識したりしなかったりの状況に・・・。

知り合いは３回ともも「ある日突然不良セクタ状態」です。

パソコンの使用時間ですが自分は1日に1〜3時間くらいだと思います。
ちなみにきのう15分毎にHDDのヘッドを動かしてくれるというアプリを
入れて今朝起動したら突然DOSスキャンです(泣）
なんとタイムリーな！とか思いましたがどうなんでしょう？

知り合いはのほうは1日の半分以上は動いているらしいので、
miboさんのいうそれが原因のような気がしますね。

＞「カッコン」っていう音がずーっと
これは本当に不良で、
＞いきなり警告されてDOSスキャン
これは、OSの前回終了に問題があるか、ディスク転送エラーでデータ化けがある、などの可能性があります（本当にHDDが不良とは限らない）。

粗悪なスマートケーブル等を使ったりしてませんか？
→データ化けの原因になります。

熱が蓄積して高温になるような装着状態になっていませんか？
→HDDに使用されている半導体部品が破損したり、熱較正が追いつかず
　メディアの読み書きに失敗する可能性があります。

作りの悪いケースのシャドウベイに、無理矢理押し込んでいませんか？
→HDDの側面には気密シールがある場合が多く、擦り傷等で外気と直接通じてしまって
　そこからゴミを吸い込んで死ぬ場合があります。

「カッコーン」も、電源(12V)の容量不足が原因というオチもあったりしますね。

たくさんのアドバイス、ありがとうございます！
ケーブルは確かにちょっと安物を使っていますね・・・。
データが化けるというのが可能性としては一番高いような気がします。
さっそくケーブルは交換することにします。
あと、これは関係ないと思いますが2ヶ月くらい前から
終了しても電源が落ちずに勝手に再起動っていうことがたまにありました。
最近は落ち着いているようですが電源が落ちる瞬間HDDが切れそうで切れないっていうか、
すっきり切れずにちょっともたつく感じがあります。
HDDの無理な搭載についてはいつもかなり気をつけているので断じてないです。
ケースについてもそれなりに良品(オウルテックの1万円位）なのでその変な大丈夫だと思います。
熱に関してはとりあえずケース後方に8cmファンを一つ増設してあります。
電源は去年交換して確か300〜350W(ATX ver2.03)くらいになっています。

・同じケーブル上では、同じメーカーでそろえる。
・放熱の関係で、3.5インチベイでは、１台分空けて設置する。
（本当は、５インチベイがよいのですが...）

こんにちは。

> Win98SE
以前、シャットダウン時にいろいろと不具合が発生していたようです。
修正UpDateファイルもあるようなのでその辺りを探ってみてはいかかでしょうか。
後、HDD2台をプライマリーマスターとセカンダリーマスターとかで接続するとか。
#ハズしていたらすいませんです。