私はＲＡＩＤ無しのK7T266 LE2を使用していますがその様な現象は起きてませんね
Ｗ２Ｋ、ＸＰで使用していますが問題無しです
何か定期的にアクセスするような物が常駐してませんか？

マザーボードが原因であると断定した理由と、現時点までに試した事柄を列挙して下さい。

まぁとりあえず、使用OSとか、どんなカードを挿してるかくらいは書いてくださいよぅ(笑

うちでも、EPoXのKT266Aマザーで、そのようになりましたよ、、ただ、何が原因でなるのかはよくわかりません。症状は3Dゲームの時に、よくでますね、、、、OSはXPや2000です
それでWindows Meでは、でなかったのも不思議です。周辺機器のドライバが、関係してるのじゃないかとは、、思いますが、、、

EP-8KHA+とGeForce4Ti4400の組み合わせで
OSはWindowsＸＰですが全くそんな現象は起きたことがありませんね〜
すこぶる良好です＞私はね（＾＾）

私の友人周りでもそんな話聞いたことないですがね〜
EPoX、GIGA,MSI、ASUSとユーザー揃ってますが・・・・

もし、お使いのOSがMeだと復元機能があやしいですね
Meだと時々耳にするはなしですね〜マザー、チップセット問わずに
その場合は復元機能を無効にすれば直ります
お使いのOSはなんですか？

＞マザーボードが原因であると断定した理由と、現時点までに試した事柄を列挙して下さい。

う〜ん、なんか大学入試の問題みたいな問われ方で恐いなぁ・・・（^-^;;;

それはさておき、ＯＳは何で、常駐ソフトは何で、どういう構成で組んだのかがはっきりしないとM/Bが原因なのかどうかは断定できませんので、奨めることもできないでしょう。
私も上記に投稿されておられる方々同様、M/Bが原因してるとは思えませんので・・・

参考までにかなり古いゲームですが「DETHKARZ」というゲームはwin98では快適に動きましたがwinMEではコマ落ちしまくってゲームにならないってことがありました。このゲームはwinMEが出る前のゲームなのですが、OSによってはまともに動かないものもあるかもしれませんので、おかしくなってしまうゲームタイトルも書くといいと思います。
また、私自身はそうしているのですが、自作機ならリムーバブルキットを使って様々なOSを使い分ければ、原因をつかめる場合もあります。

原因かもしれない常駐ソフト（サービスとかもね）を特定するには、そういう症状が出た時に
Ctrl＋Alt＋Delキーでタスクマネージャを呼び出して、ＣＰＵ（占有率）が高くなっている
タスクを見つけることだ。そのタスクが原因だろう。
常駐ソフトだと、大抵はウィルスチェッカだけどね。

CD-ROM挿入の自動通知が有効になっていたら無効にしてみてください

もうほぼ諦めていた（Ｍ／Ｂを交換）ところです。皆さん沢山のレスありがとうございます。
とりあえず皆さんに教えて頂いた結果の報告をさせていただきます。
・復元機能を無効に。
・ＤＣＦメディア監視ツール（自動起動ソフト）を停止
で解決しました。原因はＭ／Ｂではありませんでした。（ＭＳＩさんゴメンナサイ！）
問題は解決しましたが、皆さんからのご指摘事項を受けた私のパソ環境を記述します。
・ＯＳ：ＷｉｎＭｅ
・ＣＰＵ：AMD １Ｇ
・グラフィック：RADEON7500（ATI製）
・SICIカード（メーカーは忘れました）、SOUNDカード（NOVAC製）をPICスロットに。
・SCSI機器：ＭＯ（ＩＯデーター製）、スキャナ（SHARP製）
Ｍ／Ｂ交換後、クリーンインスト−ルからのソフトの再インストール終了後、フライトシュミレーターを動かしたら、画面がコマ落ちのような状況（約５〜６秒周期で）になって気がつきました。ＢＩＯＳの設定等で悪あがきをやっているとき、最初に記述したＨＤＤやＭＯのアクセスランプやマウスのポインターの状況に気付きました。（この状況でＢＩＯＳが悪さ・・・と思いました）
「ＤＣＦメディア監視ツール」の自動起動ソフトはどのアプリをインストールして常駐する様になったのかは不明です。（注意力不足で恥ずかしい）デジカメ関係のソフトとして「デジカメｄｅ同時プリント」を使用しているのでこの時に常駐したかと思っています。

AMD 1Gって何？
書くんだったらせめてアスロンかデュロンかぐらい書いたほうがいいと思うよ。
あと、シュミレータではなく、シミュレータです。
#SICIとPICはTYPOだと思いますが。