Windows 2000などなら、簡単にできるのですが、Windows9xとなると、、、

HDDのパーティションを、拡張パーティションにすると、今のHDDのあとに例外なく来るはずです、、
もしくはこれは、できるかどうか実験してないのでわかりませんが、リムーバブルHDDの来るチャネルを、BIOSでNone、無効にしてしまいます。
こうすると、OSが起動しないとHDDのデータは読みとれませんが、デバイスマネージャ＞ディスクドライブ＞該当のHDDのプロパティ をみると、int 13ユニットのチェックボックスが外れていて、、リムーバブルにチェックができる？状態になっており、ドライブレターも変更できて、次回起動後はそのドライブに固定される、、、と思うんですが、、、(^^;
うちのWindows9x機が、HDD１台しかついてないので検証ができず、、(^^; きっとうまく行くんじゃないかとは思うのですが、、フォローよろしく他の方(爆

Cドライブが基本領域・Dドライブが拡張領域の場合、基本領域でフォーマットされた HDD を接続した
場合にそのような事になりますね。

一番簡単なのは、リムーバブルディスクを拡張領域でフォーマットすれば宜しいかと。
接続すると、Eドライブになると思います。

後は、いしかわ さんの方法が使えるかどうかですが・・・
当方には実験出来る環境がありません。（汗）

ただレスを待っているのもたいへんだし、自分の言ったことができなかったらナニなので、ちょっとやってみました(^^;
、、ちゃんとできました(笑 int 13ユニットのチェックボックスは外れるようになりましたが、外さなくてもいいようです。
ただ、分けていたパーティションの2個目が表示されなくなってしまったので、分けている場合はやらないほうがいいかもしれませんね。
なお表示がローカルディスクではなく、リムーバブルディスクになります。(笑

スクリーンショットです。VGAで使っているPCなので、画面が狭い、、、
http://www.tk2.nmt.ne.jp/~ish9821/hdd_r.gif
マザーボードはABITのBF6、HDDをセカンダリのスレーブに接続して実験しました。