依然私もノートパソコン(VAIOのC1シリーズ)で同じ現象に遭遇しました。
ハードの問題っぽいので無理だと思います。
１００％とはいえませんが・・・

私の使っているマシンも同じです。
背面のＵＳＢをはずせば改善できるのですが。
ヘッドホンをつけるとつらいものがあります。
原因はビデオボードらしいですが。

Win98でAPMなノートでしたが、ソフトCPUクーラーを入れると軽減される場合がありました（ノートによっては逆に増加する場合もありました.）

雑音は、オンボード音源がマザーボード上の他のデバイス（或いは電源系）のノイズを拾っているせいです。オンボードの音源は、設計が悪いことが多くて雑音を拾いやすく、且つ、マザーボード上の他の雑音源と隣り合わせであるために、非常に雑音を拾いやすいのです。
はっきり言って対策は難しいので、オンボード音源はオマケだと思って諦めましょう。

しっかりした設計のマザーを使えば雑音は気にならないレベルまで下がるかもしれないですが、選択の手間や今後を考えると素直にPCIの音源を載せるのが吉です。また、USBの音源を利用するのも一つの手でしょう。

ちなみに、雑音についての個人的経験ですが、上で谷さんが書かれているとおり、USB周りとVGA周りからは酷いことが多かったです。
ですので、USBのマウスを使っているならPS/2のマウスにしてみるともしかしたらば改善するかも知れません。
しかし、です。マウスが動くと雑音が入るといっても、直接的にマウスが雑音を生じているのか、USBコントローラが雑音を生じているのか、画面上のマウスカーソルが動くときにビデオカードが雑音を生じているのか…………等々、雑音源の候補が多すぎて収集がつかなく、対処は難しいです。

一応メーカに銅製品を送ってもらって検証した結果を上に書きました。
＞マウスが動くと雑音が入るといっても、直接的にマウスが雑音を生じているの か、USBコントローラが雑音を生じているのか、画面上のマウスカーソルが動くときにビデオカード が雑音を生じているのか…………等々、雑音源の候補が多すぎて収集がつかなく、対処は難し いです。

私の場合は全部でした（爆）
原因が３つなので雑音も３倍（爆）

皆さん有り難う御座います。
あきらめて、ＰＣＩにボードを差すことにします。
ところで、ＵＳＢの音源がありますが、あれは、音質としてはどうなんでしょう、
私は、ステレオに接続しているのですが、過去にヤマハ１９２で使用していましたがノイズもなく結構良かったのですが、ＵＳＢにも、少し興味があるので・・・・・

安物を除けばUSBオーディオの音は同価格帯のサウンドカードの音よりもノイズが少ないようにみうけられます
しかし、ゲームの3Dオーディオに対応していない、デジタル出力があってもAC-3出力ができずDVDで5.1chスピーカでの再生ができないなどの不便さもあります

>ゲームの3Dオーディオに対応していない

クリエイティブのSound Blaster ExtigyがEAXに対応しています。
http://japan.creative.com/soundblaster/products/extigy/welcome.html

>デジタル出力があってもAC-3出力ができずDVDで5.1chスピーカでの再生ができないなどの不便さもあります

アイオーデータのD2VOXが対応していますが・・・。
http://japan.creative.com/soundblaster/products/extigy/welcome.html

デジタルでのAC-3出力は出来ないものの、YAMAHAのRP-U200もドルビーデジタル5.1chの音声が直接スピーカ出力できたりしますし・・・。

あっと、つかってるOSが何かわかりませんが、WDMドライバで出来の悪いものだったりとか
OSがWindows98なんかだったりするとWDM周りでそういったトラブルが起きやすいです。
もともとオンボードAC97だと音質は二の次にされやすいというのがアレですが・・・。

私はSE-U77,RP-U200とUSB音源を使ってきていますが、音質面ではほぼ文句なしです。
ノイズは皆無ですが、USBコントローラチップの性能が悪かったりすると、簡単に音飛び
するのでその辺りは要注意です。
それでもWindows2000環境下でのRP-U200はかなり音飛びが少なくなって通常使用では問題がほとんどでないですが。