rainをはじめ、WindowsNTのSystem Idle Process等のCPU等の消費電力を抑える機構はCPUが余裕のある時だけ効果が有ります、WindowsNTのHLT機構は秀逸です。

ゲーム等比較的CPU占有率が高い場合は効果無しです、
ですからrain等を使ってようやく安定するようなPCは夏を迎えるのは難しいでしょう。

デメリットと言えば、常駐される為若干MEMを食うのと、Rainを常駐させたままベンチマークを取ると値が下がることから若干CPUパワーを食われると思われます。

温度を下げるメリットは大きいと思います。
素人なので良くわからないのですが、半導体は１０℃その温度を下げると寿命が２倍になると言われています。いい加減オーバークロックなどで寿命をけずっているのですから、放熱やRainを使うなどしてCPUの温度を下げる事によって、いたわってあげたら・・、と思います。

確かにRainだけで安定化は難しいですが、保険だと思って入れておいたほうがいいでしょう。
冷却効果はCPUファンが一番で、次にケース内の空気の流れ、最後にクーラーソフトと思います。
それでも、クーラーソフトは無駄ではありません。寿命は格段に違います。

RAINやCPU IDLE等のソフトクーラーは３Ｄソフト等（DIRECT−Xを使うソフトや画像ローダー）を使った場合は効き目はありません。おっとっとさんの言われるようにCPUの寿命のため、と考えた方がいいと思います。安定して常用するためにはCPUクーラーを特別な物に変えるか、風の流れを工夫するしかないです。

普通に使うにデメリットはありませんよオ−バ−クロッカ−の必需品です。