「SYSTEM」format等のFDにBIOS FILEとAWARDのBIOS書き込みソフトを入れてFDから起動するのが一般的です。　PRO2は、BIOS画面で「BIOSの書き換えを可能」にしないと蹴られるタイプだったと思います・・。また、BIOS書き換えもＷｉｎｄｏｗｓ上でで来たと思います。
http://www.aopen.co.jp/tech/download/mbbios/ax6bcproii.htm
これを読むと判ると思いますけど

ZIP FILEですので、これの解凍も必要です。

文面だけで判断すると、K.Z.さんがご自分でBIOSをアップデートするのは、ちょっと危なっかしいような気がします。

うまくアップデートできれば、以下のことは読まなくていいのですが、それはあくまで最終手段ということで、まずは次のことを試してみて下さい。

新しいHDDがうまく認識しないのは、たぶん前に接続していたHDDの情報がマザーに残っているためではないでしょうか。CMOSのクリアでいけるような気がします。CMOSクリアの方法はマザーの説明書を見て下さい。
また、CMOSクリアの方法がよくわからない場合は、BIOSのセットアップ画面からHDDを認識させるセクション（たぶんStanderd CMOS Setup等とかかれている）に入り、IDEデバイスの項目(たぶんAUTOになっている)をいったんDisable（使用しない）にして設定を保存し、いったんパソコンの初期画面まで起動してから、もう一度BIOSセットアップに戻り、AUTOに戻すことで設定をクリアできると思います。あるいは、BIOSを初期設定に戻す（Load **** Defaults等と書いてある）を試してみるのもいいかもしれせません。
これらの方法は、うっかり手順をまちがえても、起動不能になることはないのでBIOS書き換えよりずっと安全です。

AX6BC系のBIOSのアップデートは確かコンベンショナルメモリが足りなくて書き込み出来ない場合がありましたね。
アップデートする時はHDをすべて外して行うのがオススメです…って関係ないことかいてそうだ（ｗｗ

起動ディスクで立ち上げてファイルを指定しても反応がない（ように見える）のは、画面が日本語モードだからだと思います。でも、失礼ながら、そのあたりで詰まってしまうようなら、BIOS書き換えは誰かに手伝ったもらったほうが無難ではないかと。
安易に書き換える前に、BIOSのセットアップなどをチェックしてみてくださいね。

マザーボードによっては日本語ドライバはおろかhimemやemm386等のメモリドライバすら組み込んではいけないような物も有りますよね。
他にはBIOS更新実行時に実行オプションが必要な場合もあったりとBIOS更新時にはいつも英語docと格闘しています。。。
私は英語キーボードな配列になるんで慣れるまでうろたえてみたりしてました。（笑）

>私は英語キーボードな配列になるんで慣れるまでうろたえてみたりしてました。（笑）
友達がbiosアップ中に「が打てない！、コマンドが打てない」と夜中にtelがかかって来たことがあります（￣ー￣）

DOSプロンプトからフォーマットしたFDDで行けましたけどね。同じくAX6BC PRO2での話ですが。
空っぽのCONFIG.SYSとAUTOEXEC.BATを入れてdblspace.bin(スペル自信なし)を削除してその後DLしてきたEXEをコピーしてFDDよりブートすれば可能かと。
次に更新後の再起動でBIOS画面に入り「LOAD SETUP DEFAULTS」を実行する。
最後に自分にあった環境にカスタマイズして再起動。
himem.sysやemm386.sysは組み込まない事(コンベンショナルメモリが足りなくなります)。

なお、この文章がわからないなら、BIOS書き換えはしない方が良いと思います。
もしかしたらBIOS更新しなくても「HDD AUTO DETECTION」を実行すれば行けるかも知れません。

というよりBIOS書き換えるときって、それこそCONFIG.SYSもAutoexec.batもまったくない、まさに英語の純DOSモードで行うのが常識だと思ってたんですが。
最近はWin上からBIOSアップデートかけられるものもありますが、恐ろしくて使えたものではありません。英語キーボードの配列なんて、英文タイプライタ上がりの人間に言わせれば英語部分はどうせQWERTYなので楽勝ですよ、ええ。

ついでにいうとBIOSは必要に迫られない限り（不都合があって設定などを変えても対処できないレベルのもの）、更新しなければならないものでもありません。現状で問題なく動いているのなら、特に触る必要はないものでもあります。

AwordのBIOS書き換えプログラムって、純粋な"英語DOSテキスト画面"を使っているので、日本語テキスト画面の環境だと、表示が隠れて見えないんですよ（笑）。いわゆる「起動ディスク」からでも書き換えできないことはないんですが、プロンプトで>us等と打って英語モードに切り替えておかないと、何も動いてないように見えちゃうんですわ。まあ、EMSドライバなんかが組み込まれている状態では、ちょっと不安ですけどね。システム以外なんにも入ってないディスクなら、そこら辺のことは考える必要はないというわけなんです。最初からそう言えばよかったんだけど、９８さんと同意見で、安易に書き換えるものじゃないと思いまして、ええ。

たくさんのレスありがとうございました。いろいろ忙しく、まだ何にも試してないですが、試行錯誤してみます。