そのコネクターのピンアサインはマザーのピンアサインに対応していますか。

GA-6OXM7E使ってますが、MT-PRO1100Wで同じ現象がでました。
マニュアルに書いてありますが、ケースとマザーでピンアサインが逆になってました。
同じメーカなので可能性としてはあると思いますが。
パソコン工房で同じピンアサインのケーブルがあり、それに付け替えたら使えるようになりました。
参考までに。

確かMT-PRO1100のUSBコネクタのピンアサインはASUS製マザー用に造られてるハズです

ECSの478マザー、P4IBSAだったかな。　あれはちゃんと使えましたよ。
だから最近は、みなあのアサインになっているものだと思っていましたが、違うメーカーもやはりあるのですねぇ・・・

ＭＳＩの８１５ＥＴ−ＰｒｏとＥＰＯＸのＥＰ−８ＫＴ３の動作しました。
ケースとマザーのマニュアルにピンアサインが載っていると思うので照らし合わせてみては？

私の使っているケースはフリーウェイのＦＷＤ−１０００で、
マザーボードはＧＩＧＡＢＹＴＥのＧＡ−７ＤＸＲですが、
やはり、ケース付属の前面ＵＳＢ端子が使えません。
そこで、Ｗｅｂ上で色々とケーブルを探してみたのですが、
ａｉｎｅｘ製のＵＳＢ−００３とかは如何でしょうか？

ainex HP　　　http://ainex.jp/list/index.htm
USB-003 　　　http://ainex.jp/list/index.htm

私も今、取り寄せ注文中なので、動作確認は出来ていませんが。

昨日、上の品物が手に入ったので、一応ご報告差し上げます。

結果としては、あっさり動きました。
まぁ、端子を１本ずつバラバラにしてあるだけなので、私が
位置を間違えさえしなければ当然の事なのですが。(^^;
恐らくコードの色と対応する端子はＭＴ−ＰＲＯ１１００も
一緒でしょうから、後はマザーボードの説明書を見ながら、
対応する端子同士を接続すればＯＫです。

ちなみに同社のＩＨ−１０５−５という、３．５＆５インチ
ベイ内蔵ＵＳＢ５ポートも同時に注文したのですが、これも
利用可能です。