Win98では「使用頻度による最適化」というヤツをやっているので、以前に全くやったことがないまま使い続けていると、異様に時間のかかる可能性はあります。
あと、最適化中にHDDに書き込んだりするとやり直したりするので、作業しながらやってると永遠に終わりません。起動してからしばらく放置し、HDDアクセスが落ち着いてから始め、最適化中はさわらないでやった方がよいです。スワップが入ったりすると…

i96968 さん　アドバイスありがとうぞざいました。
作業中（スキャンディスク中）はパソコンに触らずジット待っていますが，数十時間かかりそうな気配です。
完了までやらず，途中で止める（キャンセル）と，そこまでのやったことは成果となるのでしょうか。それとも，キャンセルなので，全くの無駄となるのでしょうか。
もし，やったところまで実績となるのであれば，時間のとれる時に何回も少しづつ実施しようとおもいますが。

＞ハードディスクに不良クラスタがあるらしく

でしたらなるべく早く必要なデーターをバックアップしましょう。壊れるのは時間の問題かもしれません。
スキャンディスクに時間が掛かった場合（Windows98上及びMS-DOSにおいて）、HDDの不良が考えられますので動くうちに対処した方がよろしいかと。

Ｗｉｎｄｏｗｓ９８のスキャンディスクは４Ｇで半年使ったとすると６時間以上を目安にしたほうがいいと思います。

昔、エラーが沢山出るためスキャンディスクが進まない事がありましたが
デフラグを「ドライブのエラーを調べない」設定にして行い、その後スキャンディスク
を行って上手くできた事がありました。

誰も突っ込まないので私が。

＞i96968 さん
それってデフラグぢゃん．．．

＞それってデフラグぢゃん．．．
はうぅぅ…、ナ、ナイスつっこみですぅ。
皆様、大変失礼しました。m(_ _)m　（平身低頭）

でもスキャンディスクでも書き込みがあったりすると終わらなくなるのは同じなので、前半部は記憶領域から抹殺してお読み下さい。m(_ _)m

みなさん，色々アドバイスありがとうございます。「ドライブのエラーを調べない」設定にして行ってみます。

＞それってデフラグぢゃん．．．
ですね。
思わず同じようなレスをしてしまいました。

デフラグをあまりしない人は、私の父ぐらいかと思っていたところ、結構いるのですね。
注意事項としては、
１、「デフラグの前に、スキャンディスクをかける」のはご存知ですね。

２、頻繁にディスクアクセスするものをすべてとめる。
　代表的なものとして、ウィルススキャンソフトやノートンのユーティリティや、意外なところとして、メーラーの設定の「○○分ごとに着信のチェックをする」、（WinMeならコンパネでPCHEALTHも）等、バックグラウンドのタスクを可能な限り停止します。
　インターネットの常時接続をしている人で、パーソナルファイアーウォールを入れている人も、それをとめます（安全のためＬＡＮケーブルを抜く）。これらも基本でしょう。

３、ここからが本番ですが、一番気になったのは、
（i96968さんのご指摘にもありますが）Win98以降導入されている、Windowsフォルダ内に（隠しファイル属性でだったかな？）「ＡＰＰＬＯＧ」フォルダ内に、使用頻度の高い順に並べ替えるためのデータファイルの蓄積があります。ところがこれが、ときどき損傷することがあり、その場合、デフラグに支障がでることがあります。
その場合、思い切って「ＡＰＰＬＯＧ」フォルダ内のすべてのファイルを削除します。
そして、数時間から数日普段通りにＰＣを使用します（じろうさんの使用パターンをWin98が把握する為です）。
しかる後にデフラグをかけるとよろしいのでは？

あと、「エラーを調べない」設定は特殊なものですので、他の方々の事例・助言に反することではありますが、安全のため原則としてエラーチェックをする設定で行ってください。

なお、デフラグを長期間怠った後は、特に時間がかかるので、数時間の覚悟はいるでしょう。